[TSC!] Rosetta@Home: обсуждение

[Behc]

Обсуждаем проект Rosetta@Home.
Все вопросы задавать только после прочтения
FAQ по проекту Rosetta@Home
(обновлен 16.02.2011)

официальный сайт проекта
наша команда номер 528.
скачать BOINC клиент. (Windows, OS X, Linux)

Альтернативная статистика команды

Добавлено через 12 минут

FAQ по проекту Rosetta@Home

Научная сторона дела:

Цель проекта - решение одной из самых больших проблем в молекулярной биологии - вычисление 3-х мерной структуры белков из их аминокислотных последовательностей. Благодаря недавно завершенному проекту "Геном человека" известны аминокислотные последовательности всех белков в человеческом организме. Исследования по данному проекту также помогут в проектировании новых, не существующих белков. В случае успешного решения данных проблем мы сможем бороться с такими болезнями как рак, малярия, болезнь Альцгеймера, сибирская язва и другими генетическими и вирусными заболеваниями.

По сути Rosetta - это компьютерная программа для поиска:
- структуры с наименьшей энергией для заданной аминокислотной последовательности для предсказания структуры белка,
- обратная задача - поиск аминокислотной последовательности с наименьшей энергией для заданной белковой структуры;
а также расчета взаимодействия комплекса белок-белок.
В данном проекте используется обратная связь по прогнозированию и полученным результатам, чтобы улучшать потенциальные функции и алгоритмы поиска.

Rosetta строилась на основе нескольких идей, развиваемых несколькими группами, которые потом объединили усилия.
Вот эти идеи
0. 3D структура белка полностью определяется 1D последовательностью.
1. Знание вторичной структуры сильно облегчает жизнь при предсказании 3D.
2. Нужен промежуточный набор блоков из которых можно строить белок для преодоления комбинаторного взрыва (эти блоки потом были названы мотивами)
3. Необходимо построить функцию пригодности смоделированной структуры достаточно хорошо описывающую свободную энергию белка в физиологическом растворе.
4. Поиск оптимальной конфигурации нужно вести, как минимум, в две стадии - на гладком потенциале для больших блоков, а затем на полноатомном потенциале.
5. Молекулярная динамика подходит только для заключительной полноатомной шлифовки, на начальных стадиях необходимо использовать методы Монте-Карло и генетические алгоритмы.
6. Самый компактный кластер решений в пространстве построенном по метрике RMSD обычно содержит правильное решение.

Официальный сайт проекта
Авторы: лаборатория доктора Дэвида Университета Вашингтона
Результаты проекта

статьи про Розетту на русском языке
спасибо Alexa за перевод и lusvladimir за статью
Что мы хотим знать о проекте Rosetta@Home?
Научный FAQ по проекту
комментарии Дэвида Бейкера "Исследование Болезней".

Техническая сторона дела:
Поддерживаемые операционные системы:
Windows - Windows 98/ME/2000/XP/Vista
Macintosh - Mac OS X 10.3.9, или выше
Linux (32-bit/64-bit)
Системные требования
оперативная память занимаемая клиентом: от 200 Мб на ядро CPU.

Трафик - одна из крупных проблем проекта. При первом подключении вам необходимо скачать собственно boinc клиент (ссылка чуть ниже), размером около 10 Мб и файлы Розетты размером около 20 Мб. но, кроме этого надо закачивать и задания. И с ними трафик может достигать 20Мб в день на мощной машине. Для того, чтобы избежать такого трафика надо пройти по этой ссылке и в поле Target CPU run time поставить 1 days. После этого считать Розетту можно будет, даже если у вас диал-ап. Задание, размером около 5Мб будет считаться сутки и за это время трафик тратиться не будет. Результат, загружаемый на сервер имеет размер примерно 3-8 мегабайт.
В данный момент ведутся работы над дальнейшим снижением трафика.
Ещё один метод борьбы с повышенным трафиком Розетты от lusvladimir:

Цитата

Я вот провел тут небольшое исследование (проверил архивы своей папки BOINC за последние 20 дней) и убедился в том, что базовые файлы, которые мы качаем для расчета WU Rosetta, (см. мой предыдущий пост) - (это *._09_05.400_v1_3 и *._03_05.400_v1_3) - файлы АБСОЛЮТНО ИДЕНТИЧНЫ, а для расчетов используются изменяемые файлы .psipred_ss2, .pdb и .fasta. Я сижу на dial-up и у меня на машине давно уже стоит локальный кэширующий прокси-сервер (CoolProxy) для того, чтобы при серфинге заново не закачивать неизменяемые части сайтов. Но прога может и файлы тоже кэшировать!, я в настройках BOINC-клиента указал адрес моего локального прокси (127.0.0.1), на прокси стоит что нужно закачивать только те файлы, которые изменились, и я теперь получаю только маленький трафик расчетной части. Работаю на этой системе пока неделю, глюков и сбоев кроме самих Rosett'овских замечено не было.
Режим обновления - у меня стоит определеный пользователем.

Настройки - все настройки.
Пользователи (127.0.0.1)
Время для повторного обновления (сек) -30
Игнорировать дату и размер файла на сервере при обновлении - НЕТ
Обновление HTML- Всегда
Обновление прочих - Всегда
Обновление скриптов - Всегда

P.S У меня довольно старая версия 2.0 build 1023, так что может что-то по другому называться...

P.P.S Да, вот еще что: эффект от этой системы проявится как Вы понимаете, не сразу, нужно чтобы как минимум 1 раз вышеописанные базовые файлы прошли через прокси, а вот уже при втором и последующих обращениях к серверу проекта прокси не будет качать заново файл из Сети, а отдаст BOINC'у файл из своего кэша (из папки на локальном диске). Вот Вам и экономия трафика!

Избыточность: в проекте равна 1. То есть, одно задание выдается только одному участнику, а не четырем как обычно в боинк-проектах.

Как считаются кредиты?

Цитата

1. Claimed credit = (whetstone + dhrystone)*Tвычислений/1728000.
Где:
whetstone - скорость вычислений с плавающей точкой (FLOPS/s). (Например - 1785 миллионов/сек).
dhrystone - скорость вычислений с целыми числами (например - 3075 миллионов/сек).
Tвычислений - измеряется в секундах.

2. Теперь давайте разберёмся, откуда взялся коэффициент 1728000:
Как уже говорилось выше, объём вычислений V0 можно записать как: V0 = (Whetstone + Dhrystone)*T
В тоже время, согласно определению:
1 Cobblestone = (1GFLOPS/s + 1GINTOPS/s) *24 часа * 3600 секунд /100 = 2 GigaOPS/s * 24 * 3600 / 100 = 1728 GigaOPS/s
Тогда, выражая объём вычислений в Cobblestones мы получим:
V = V0/(1 Cobblestone) = (Whetstone + Dhrystone)*T/1728GigaOPS/s.
Поскольку результаты бенчмарков принято записывать в миллионах операций в секунду, то приставку Giga мы заменяет на 1000, а миллионы операций в секунду просто отбрасываем - поскольку они сокращаются и сверху (Whetstone + Dhrystone) и снизу (GigaOPS/s = 1000 MegaOPS/s).
3. как считается Recent Average Credit (RAC), написано тут http://boinc.berkeley.edu/credit.php

Как присоединиться к проекту?
1. Создать свой аккаунт, пройдя по этой ссылке
2. Если вы еще не участвовали в боинк проектах, скачать последнюю версию Boinc для Вашей операционной системы.
3. Запускаете клиент, идете в меню Проекты -> Добавить проект
4. Вводите адрес проекта http://boinc.bakerlab.org/rosetta
5. Говорите, что у вас уже есть аккаунт (Вы создали его в п.1), вводите e-mail и пароль, который вы ввели, когда создавали аккаунт.
6. Для того, чтобы присоединиться к нашей команде, пройдите по этой ссылке и нажмите на кнопку Join.
Всё, вы теперь с нами!

Как работать с кешем заданий?
После регистрации
1. Заходим на собственную станицу (с главной страницы проекта выбрать Your account)
2. Выбираем View or edit general preferences
3. Находим Connect to network about every (determines size of work cache; maximum 10 days).
Если там стоит 0.1 - увеличиваем, т.к это число определяет размер кеша заданий (если задается дробное число, то писать с точкой, например 0.5, если указать 0,5 то задания могут не загружаться )


полезные ссылки:

Boinc Wiki:
http://boinc-doc.net/boinc-wiki/index.php

Неофициальная документация:
http://distributed.ru/wiki/boinc

Информеры:
http://boinc.mundayweb.com
http://www.boincstats.com/page/faq.php#3
http://www.boinc.dk/index.php?page=signatures

Статистика команды:
официальная и обновляющаяся в режиме реального времени
http://boinc.bakerlab.org/rosetta/te...php?teamid=528
неофициальная, запаздывающая, но с более широкими возможностями
http://www.boincstats.com/stats/user...100&or=&ti=528
http://www.boinc.dk/index.php?page=t...rah&teamid=528
http://www.boincsynergy.com/stats/te...28&project=rah
http://stats.kwsn.net/team.php?proj=rosetta&teamid=528
http://stats.free-dc.org/stats.php?p...j=rah&team=528
http://boinc.mundayweb.com/stats/tea...iew=528&prj=13

Быстрое руководство по Розетте и её графике:
http://boinc.bakerlab.org/rosetta/rah_graphics.php


русская версия официального FAQ по Розетте от lusvladimir

В составлении описания проекта были использованы материалы следующих людей:
blackbird, SwZ, lusvladimir, RosMag, citerra, Kapten Trumm, Gercog, RM, Agafonov_KY, norlang, -=SR=-, Alexa, Lexx-R, ShiZ, krasbars.

Создано на основе FAQ от ShiZ.

[Moz]

Упсс

[Abu Ali ibn Sinna]

Что-то подзабросили вы Розетту, я погляжу...

[corsi]

Что-то вы не туда смотрите, Розетта таки сейчас как раз на пике.

[Abu Ali ibn Sinna]

ДА я просто по дате сообщений. Молодцы, что на пике.

[noname2]

Цитата (Abu Ali ibn Sinna) »

ДА я просто по дате сообщений.

Основное пристанище - http://forums.overclockers.ru/viewto...209&start=4720

[drweb]

Имеет смысл переходить на оверклокер или здесь тоже можно задавать вопросы по проекту?

[Behc]

drweb
Задавай, а там посмотрим, куда послать.

[Andont]

Она еще живая? Это что-то Folding@Home?

[Abu Ali ibn Sinna]

Ещё как живая. Наверное, да, похожа по задачам и методам на Folding. И слегка на GPUGRID.

[Duce HK]

Попробую оживить тему. Розетта принесла результаты, причем они стали переходить в коммерческую плоскость.

Цитата

Journal post from David Baker (Лидер проекта R@h)

The results on the flu neutralizing protein you helped us design have now been published. You can get the paper, like all of our papers, from our lab web site, and read what journalists are saying at
http://cen.acs.org/articles/94/i6/De...flu-Agent.html

Наша команда внесла самый большой вклад , так что эта новость вызвала резонанс. В чем-то согласен с камрадом Smoke77, жаба душит

[Smirnoff]

Цитата (Duce HK) »

жаба душит

Да ладно тебе!
Как можно не понимать, что между результатами расчётов и реальным лекарством - ещё километры лет и горы денег? И этот путь фармкомпания пройдёт сама, уже без помощи кранчеров (ибо на этом пути кранчить уже не надо, надо совсем другими делами заниматься)...

[MS2]

Цитата (Duce HK) »

Розетта принесла результаты, причем они стали переходить в коммерческую плоскость.

А в какую ещё плоскость они могли бы перейти? Мы живём в капиталистическом мире и для того, чтобы что-то работало, это просто необходимо коммерциализировать.
В некоторой степени вполне логично, что человек, руководивший проектом, примет в этом участие. Хотя, конечно, на первый взгляд такая схема смущает, ведь есть пример The Clean Energy Project, где все результаты публикуются в открытой базе данных.
И да, как верно отметил тов. Smirnoff, впереди ещё очень много другой работы по внедрению результатов в жизнь. Ведь за in silico должны последовать и in vitro, и in vivo.

[Duce HK]

Кранчеры всегда в тени, вся слава досталась руководителю.
2) Сколько они сэкономили $ на содержании вычислительных мощностей (суперкомпьютера), Хоть примерную цифру можете назвать? Я не вижу, чтобы это как-то удешевляло препараты

[Smirnoff]

Цитата (Duce HK) »

не вижу, чтобы это как-то удешевляло препараты

Этот вопрос неоднократно задавался, но мне не лень переспросить: ты что предпочёл бы - чтобы от какой-то болезни вообще не было никакого лекарства (ни за какие деньги!), или чтобы оно было - пусть и несусветно дорогое?..

[Duce HK]

Цитата (Smirnoff) »

ты что предпочёл бы - чтобы от какой-то болезни вообще не было никакого лекарства (ни за какие деньги!), или чтобы оно было - пусть и несусветно дорогое?

Да, я видел этот стандартный контраргумент. Ну если я имею право хотеть только из этих двух - очевидно второе. Реальность видимо, впрямь, такова что мы можем выбирать между дорогим и очень дорогим. Но "здоровье не купишь" (золотое кредо фармацевтических корпораций), поэтому мы как правило готовы отдать любую сумму, лишь бы мы или наши близкие были спасены от страшной напасти. У нас неплохо, с профитом, работают фонды, куда народец скидывается по СМС добро.

СПОЙЛЕР »

Я даже молчу, что мы помогаем науке и бизнесу тех, кто ввел против нас санкции, получая при этом лишь высокие строчки в статистических рейтингах.

[Smirnoff]

Цитата (Duce HK) »

видел этот стандартный контраргумент

Ну вот тебе нестандартный: это же дело сугубо добровольное, тебя никто под дулом пистолета не заставляет-же запущать на своём компьютере/компьютерах клиента распределённых вычислений, нет? Вот и не запускай, делов-то...

[Duce HK]

Да это-то понятно, что я могу не запускать, тима набрала больше всех очков и вложила больше всех в Rosetta@Home. А следующий подобный эффект от расчетов будет ещё через n миллиардов очков. Так что чего напрягаться то.
Мне уже не так мало лет, чтобы я качал каждую неделю новую игрушку и шпилил. С такой картой как у меня тупо играть в комп это все равно что дать ребенку потыкать автомагнитолу и дворники автомобиля вместо полноценной езды взрослым. Без печенек и распродаж мой интерес к РВ (особенно) выгорел бы раньше.
Очен жаль что нет ответа на вопрос, почему мы не можем выбирать между дорогим и подешевле, а только между нет и есть.

[Smirnoff]

Цитата (Duce HK) »

почему мы не можем выбирать между дорогим и подешевле

Возможно, потому, что те, кто пытается изделать такое лекарство без РВ просто ещё не смогли его сделать? А вот как сделают - и будет тебе вариант "подороже"...