Распределенные Вычисления. Boinc.ru

[SETI_home_v8]

Студенты и учителя стали первыми волонтерами, посетившими исследовательскую группу по картированию маркеров рака.
16 мая 2019 г.
Резюме
В первый раз для World Community Grid ученик старшей школы Дилан Буччи и учитель Роберт Эспозито недавно отправились в Торонто, чтобы встретиться с учеными, работающими над проектом по картированию маркеров рака в Научно-исследовательском институте в Крембиле. Это первый раз, когда волонтеры World Community Grid посещают научно-исследовательское учреждение, чтобы встретиться с учеными, которые используют программу.
В середине января Дилан Буччи, второкурсник в Sisler High School в Виннипеге, Канада, завершил реконфигурацию двенадцати высокопроизводительных серверов, чтобы обеспечить вычислительную мощность для проекта Mapping Cancer Markers, который использует World Community Grid для ускорения поиска раковых биомаркеров.
К началу мая учитель средней школы Буччи и Сислер Роберт Эспозито, который руководил работой Дилана, направился в Торонто, чтобы встретиться с исследовательской группой по картированию онкологических маркеров в Научно-исследовательском институте в Крембиле. Там они провели день с учеными, чтобы из первых рук увидеть, как работа на добровольных началах способствует борьбе с раком.
Слева направо: д-р Игорь Юрисика, главный исследователь по картированию маркеров рака; Дилан Буччи, ученик средней школы Сислера; и Роберт Эспозито, учитель сети Sisler High School и учитель кибербезопасности.
Это был первый случай, когда добровольцы World Community Grid посетили научное учреждение, чтобы встретиться с исследователями, чья работа выигрывает от использования вычислительной мощности. Команда «Картографирование онкологических маркеров» пригласила Буччи и Эспозито поблагодарить их за поддержку проекта и дать им закулисный взгляд на то, как работают научные исследования.
Дилан Буччи, Роберт Эспозито и доктор Игорь Юрисика обсуждают исследования рака
День начался с презентации и обсуждения под руководством доктора Игоря Юрисика, главного исследователя картирования раковых маркеров. Затем Буччи и Эспозито встретились с членами исследовательской группы, которые готовят данные для отправки в World Community Grid, а затем анализируют результаты.
Они также посетили одну из лабораторий научно-исследовательского института в Крембиле, где анализируются клинические данные. В лаборатории они узнали, как исследователи идентифицируют маркеры внутри клеток, увидели, как они хранят свои материалы, посмотрели на высокопроизводительное секвенирование генов и узнали о тонкостях биологической лабораторной работы.
«Этот визит заставил меня задуматься о многих возможностях, которые кто-то может иметь с техническим опытом», - говорит Буччи. «И главным событием стало знакомство с доктором Юрисикой. Разговор с ним был таким воодушевляющим, и он так хорошо объяснил свои исследования».
«На уровне старших классов средних школ не так много междисциплинарных исследований по науке и технике», - добавляет Эспозито. «World Community Grid - и этот визит - это то, что может помочь студенту буквально увидеть интеграцию между ними. Это также может помочь им почувствовать, что они являются частью чего-то большего, чем они сами».
Теперь, когда они вернулись домой, Буччи и Эспозито работают над расширением своей поддержки картирования маркеров рака. Esposito разрабатывает планы уроков, чтобы помочь другим учителям представить своих учеников в World Community Grid. А осенью Буччи посетит ряд средних школ в своем районе, чтобы рассказать младшим ученикам о том, что он узнал в Научно-исследовательском институте в Крембиле, и пригласить их присоединиться к распределенным вычислениям Boinc, Проект World Community Grid.
Нажмите здесь, (https://toronto.ctvnews.ca/video?clipId=1675312 ) чтобы увидеть CTV Toronto News видео об их посещении.
https://boinc.berkeley.edu/wiki/Simple_view
https://boinc.berkeley.edu/download_all.php krembil1.jpg

krembil3.jpg

krembil4.jpg

[SETI_home_v8]

Уважаемые волонтеры,
Пятиборье 2019 года закончилось, и мы хотели бы поблагодарить всех участников за то, что они участвовали в наших задачах! Мы увидели, что производительность процессора BOINC почти удвоилась, что ускорило наши расчеты, хотя это было всего на несколько дней. Мы очень благодарны за это!
Команда SixTrack также хотела бы поблагодарить всех вас, добровольцев, которые регулярно поддерживают нас вашими процессорами. Вы даете нам возможность углубить наше понимание динамической апертуры, величины первостепенной важности для стабильности пучков частиц в больших ускорителях исследований, таких как сверхпроводящие коллайдеры - последняя, но не менее важная статья о самом важном журнале в области физика ускорителя, сравнение симуляций и измерений:
https://journals.aps.org/prab/pdf/10...eams.22.034002
где результаты симуляции были получены благодаря вам и BOINC!
С вашей помощью многое уже сделано, но еще многое предстоит сделать в будущем. Мы рассчитываем на вашу поддержку!
Продолжайте хорошую работу,
Алессио и Массимо, для команды SixTrack
https://boinc.berkeley.edu/wiki/Simple_view
https://boinc.berkeley.edu/download_all.php

[SETI_home_v8]

Установка и работа Boinc на российском процессоре Эльбрус

СПОЙЛЕР »

BOINC - популярная инфраструктура community-based научных расчётов, в которую входят проекты различных научных организаций и институтов.
Для нас возможность запускать проекты BOINC интересна тем, что они представляют собой хороший образец тестирования гетерогенных расчётных задач на платформе "Эльбрус"; в частности, были обнаружены несколько проблем с бинарным транслятором rtc.

== Способы работы BOINC ==

Предполагается возможность запуска BOINC на Эльбрусе как в '''транслируемом''' с помощью бинарного компилятора уровня приложений (rtc) режиме (что позволит выполнять задачи, собранные под архитектуру x86_64 - таково подавляющее большинство существующих задач), так и в '''нативном''' (но для этого необходимо будет вручную собрать каждую выполняемую задачу), если проект поддерживает выполнение в режиме [https://boinc.berkeley.edu/wiki/Anonymous_platform анонимной платформы].

В [[Стенд сектора разработки вычислительных модулей|стенде сектора разработки вычислительных модулей]] под эксперименты с BOINC выделено три машины:
* '''flandre''' - 1 x Core i7, Ubuntu 18.04: контрольная машина (развёрнут, работает); служит для проверки работоспособности задач под Linux в целом и сравнения с "Эльбрусом";
* '''kisume''' - 4 x E8C, ОС Эльбрус 3.1: транслируемый BOINC (развёрнут, работает);
* '''kaguya''' - 2 x E8C, ОС Эльбрус 4.0: нативный BOINC (развёрнут, работает).

== Используемые проекты ==

На данный момент осуществляется тестирование и набор статистики выполнения на следующих проектах:

* '''[http://www.acousticsathome.ru/boinc/ Acoustics@home]'''

На данный момент проект [https://vk.com/wall-11963359_5289 отключен хостером] (сервера ИППИ); дата возврата его в работу неизвестна.

* '''[http://asteroidsathome.net/boinc/ Asteroids@home]'''

Работает.

* '''[http://www.cosmologyathome.org/ Cosmology@Home]'''

Работает.

* '''[http://einstein.phys.uwm.edu/ Einstein@Home]'''

Работает.

* '''[https://lhcathome.cern.ch/lhcathome/ LHC@Home]'''

Работает частично: задания в виртуальных машинах (ATLAS Simulation v1.01/vbox64_mt_mcore_atlas; Theory Simulation v263.90/vbox64_mt_mcore; CMS Simulation v49.00/vbox64) не запускаются. Вероятнее всего, судя по логам ([[Медиа: CMS_Log.txt]], [[Медиа: ATLAS_Log.txt]], [[Медиа: Theory_Log.txt]]), проблема в доступе к серверам CERN из-под виртуалки.

В целом, впрочем, эта проблема не слишком актуальна (пока), поскольку на "Эльбрусе" виртуализация не поддерживается, и данные приложения всё равно не запустятся.

* '''[http://milkyway.cs.rpi.edu/milkyway/ MilkyWay@home]'''

Работает.

* '''[http://rake.boincfast.ru/rakesearch/ RakeSearch]'''

Работает. При контакте с проектом выдаётся предупреждение, что используется старый URL, поскольку на сайте менеджера проектов BOINCstats BAM! URL проекта действительно, устаревший. В остальном работает.

* '''[https://universeathome.pl/universe/ Universe@Home]'''

Работает.

Принимаются предложения по добавлению других проектов.

== Установка BOINC ==

=== Установка на контрольной машине ===

На контрольной машине установлены следующие пакеты из репозитория Ubuntu:
ii boinc 7.9.3+dfsg-5ubuntu2 all metapackage for the BOINC client and the manager
ii boinc-client 7.9.3+dfsg-5ubuntu2 amd64 core client for the BOINC distributed computing infrastructure
ii boinc-client-nvidia-cuda 7.9.3+dfsg-5ubuntu2 amd64 metapackage for CUDA-savvy BOINC client and manager
ii boinc-client-opencl 7.9.3+dfsg-5ubuntu2 amd64 metapackage for AMD/ATI OpenCL-savvy BOINC client and manager
ii boinc-manager 7.9.3+dfsg-5ubuntu2 amd64 GUI to control and monitor the BOINC core client
ii boinc-virtualbox 7.9.3+dfsg-5ubuntu2 amd64 metapackage for virtualbox-savvy projects
ii boinctui 2.5.0-1 amd64 Fullscreen text mode manager for Boinc client
ii libboinc7:amd64 7.9.3+dfsg-5ubuntu2 amd64 libraries of BOINC the client depends on

=== Установка (сборка) в нативном режиме ===

Используется версия BOINC 7.12.1.

Особенности сборки:
* Необходимо указать правильный путь к wxWidgets 3.0 при сборке (это нужно для сборки графического менеджера).
* Неправильно создаётся скрипт <code>libtool</code>. После запуска <code>_autosetup</code> и/или <code>configure</code> нужно убедиться, что непустая пара строк <code>predep_objects</code> и <code>postdep_objects</code> выглядит примерно так:

predep_objects="/usr/lib64/crti.o /opt/mcst/lcc-home/1.23.14/e2k-v4-linux/lib64/crtbeginS.o"
postdep_objects="/opt/mcst/lcc-home/1.23.14/e2k-v4-linux/lib64/crtendS.o /usr/lib64/crtn.o"

Важно обратить внимание, что во второй строке не повторяются файлы из первой.

* В файле <code>lib/crypt.h</code> нужно исправить строчку ifdef-а, ограничивающего <code>HAVE_OPAQUE_EVP_PKEY</code> и <code>HAVE_OPAQUE_RSA_DSA_DH</code> на следующую:

#if (OPENSSL_VERSION_NUMBER >= 0x10100000L) && (!defined(LIBRESSL_VERSION_NUMBER))

Это связано с некорректным сообщением версии API OpenSSL нативным пакетом LibreSSL ([https://phabricator.kde.org/D8672 вот здесь] описывается похожий фикс).
* Можно при сборке BOINC указать параметр конфигурации <code>--disable-server</code>, если мы не хотим собирать сервер (а обычно мы не хотим).

Собственно, сборка:

./_autosetup
./configure -C --prefix=/usr --with-wx-config=/usr/lib/wx/config/e2k-mcst-linux-gtk2-unicode-3.0
# в этот момент правим libtool
make -j16
make install
cp config.h project_specific_defines.h /usr/include/boinc

Здесь и далее в примерах make собирает в 16 потоков - т.к. сборка велась на 16-ядерной машине. Это можно отредактировать, если сборка будет вестись на машине с другим количеством ядер.

=== Установка в транслируемом режиме ===

Возможны несколько вариантов в зависимости от образа гостевой ОС бинарного транслятора:

* Просто распаковать или установить пакеты из той же Ubuntu, разумеется, доставив все нужные зависимости;
* Скачать нужный скрипт установки [https://boinc.berkeley.edu/download_all.php отсюда] и попытаться установить всё автоматически;
* Просто собрать BOINC из исходников.

Разумеется, это нужно делать из-под бинарного транслятора, запустив его командой типа такой:
/opt/mcst/rtc/bin/rtc_opt_rel_p1_x64_ob --path_prefix /opt/mcst/os_elbrus.3.0-rc34.x86_64 -- /bin/bash

=== Настройка прокси ===

Чтобы клиент BOINC мог получать задания с сервера через прокси МЦСТ, в файле <code>сс_config.xml</code> в рабочем каталоге клиента (обычно <code>/var/lib/boinc_client</code>) должен быть следующий параметр (если соответствующая группа параметров уже существует, надо добавлять в неё, а не создавать новую):

<cc_config>
<options>
<proxy_info>
<http_server_name>labproxy1.sun.mcst.ru</http_server_name>
<http_server_port>8080</http_server_port>
</proxy_info>
</options>
</cc_config>

== Управление BOINC ==

Инфраструктура BOINC состоит из сервера (выдающего расчётные задачи), клиента (выполняющего расчёты) и менеджера (программы управления клиентом). Чаще всего клиент и менеджер располагаются на одной машине, но в целом это не обязательно. Организация же сервера в нашем случае не рассматривается.

Опробованы три менеджера: командной строки '''boinccmd''', текстовый '''boinctui''' и графический '''boincmgr'''. Первый и последний входят в комплект ПО BOINC, второй является отдельной программой.

Менеджеры BOINC не имеет смысла запускать через бинарный транслятор (хоть и можно, в принципе). Нативный менеджер прекрасно работает с транслируемым клиентом (и, разумеется, с нативным).

=== Сборка менеджеров ===

Менеджеры '''boinccmd''' и '''boincmgr''' собираются в процессе сборки нативного BOINC. Если нас не интересует при этом нативный клиент BOINC (например, мы будем запускать клиент на другой машине или через транслятор), то конфигуратору сборки можно указать опцию <code>--disable-client</code> (и <code>--disable-server</code>, если нужно).

Сборка '''boinctui''':
git clone https://github.com/suleman1971/boinctui
cd boinctui
autoreconf -fi
./configure --prefix=/usr
make -j16
make install

=== Настройка доступа к клиенту ===

Доступ менеджера к клиенту настраивается с помощью файлов в рабочем каталоге клиента (обычно <code>/var/lib/boinc_client</code>):

* <code>gui_rpc_auth.cfg</code> - пароль, который должен передать менеджер клиенту;
* <code>remote_hosts.cfg</code> - хосты (IP или hostname), с которых менеджер может обращаться к клиенту (по одному в строке).

Возможно, потребуется добавить опцию <allow_remote_gui_rpc>1</allow_remote_gui_rpc> в сс_config.xml.

=== Работа с командным менеджером ===

Командами <code>boinccmd --help</code> или <code>man boinccmd</code> можно получить справку по использованию командного менеджера. Большинство операций удобно производить через другие менеджеры, за исключением вывода сообщений, статистики и т.п. - для них менеджер командной строки подходит всеьма хорошо.

Часто используемые команды:
* <code>--host хост</code> и <code>--passwd пароль</code> - добавить в командную строку, если обращаемся к удалённому клиенту (хост - хостнейм или IP удалённого компьютера, пароль - содержимое <code>gui_rpc_auth.cfg</code> в рабочем каталоге клиента).
* <code>--client_version</code> - посмотреть версию клиента (не менеджера!)
* <code>--get_daily_xfer_history</code> - посмотреть, сколько байт передано и принято за все дни работы клиента
* <code>--get_disk_usage</code> - посмотреть, сколько выделено и занято проектами на диске
* <code>--get_file_transfers</code> - посмотреть лог передач
* <code>--get_messages</code> - посмотреть лог сообщений
* <code>--get_simple_gui_info</code> - посмотреть проекты и задачи
* <code>--get_state</code> - посмотреть состояние
* <code>--get_tasks</code> - посмотреть задачи
* <code>--network_available</code> - передать непереданные из-за проблем с сетью задачи
* <code>--quit</code> - завершить работу клиента
* <code>--read_cc_config</code> - перечитать конфигурацию (при этом возможен отвал подключенных менеджеров типа boinctui, их надо будет просто перезапустить)

=== Работа с текстовым менеджером ===

Менеджер запускается командой <code>boinctui</code>.

Если хосты не настроены, он сразу выдаст окошко списка хостов, в который нужно внести те хосты, за которыми будет следить менеджер.

Клавишей Ins можно добавить, если нужно, дополнительные строчки. Порт менять в общем случае не нужно, в поле хоста надо вписать имя хоста, где работает клиент (127.0.0.1 или localhost - для локального клиента), в поле пароля - содержимое <code>gui_rpc_auth.cfg</code> в рабочем каталоге клиента.

Основные клавиши управления:
* F9 - войти в меню
* N - переключение между хостами
* С - отредактировать список хостов
* Стрелки - выбрать какое-либо задание, Enter - посмотреть его характеристики (закрыть окно по ESC-ESC)
* Q - выход

Цветовая кодировка:
* Цвет строчек задач: зелёный - получаемые с сервера, серый - готовые к выполнению, жёлтый - выполняемые, белый - приостановленные, синий - выдающие результаты на сервер, тёмно-серые - завершённые.
* Цвет процентов выполнения: розовый - задача может использовать GPU (но не обязательно использует).
* Цвет состояния задачи: красный - задача завершилась с ошибкой.
* Цвет оставшегося времени до выполнения проекта (est): красный - осталось совсем чуть-чуть (или нисколько).
* Цвет оставшегося времени до дедлайна (d/l): синий - опасная бизость к дедлайну (при аплоаде задачи после дедлайна сервер имеет право её не принять).

В текстовом менеджере удобно использовать шрифт маленького размера (особенно на мониторах с небольшим разрешением, например, шрифт 6x10 вместо стандартного 8x16).

Шрифт доступен на машине patchouli, перед использованием его надо скопировать в <code>/usr/share/consolefonts/</code>:

cp /net/patchouli/raid0/data/_NAS_NFS_Exports_/NAS_Public/src/boinc/6x10.psf /usr/share/consolefonts/

Установка шрифта на физической консоли (здесь для примера tty0):

setfont -C /dev/tty0 6x10.psf

== Работа в режиме бинарной трансляции ==

В общем случае boinc запускается командой:

/opt/mcst/rtc/bin/rtc_opt_rel_p1_x64_ob --path_prefix /opt/mcst/os_elbrus.3.0-rc34.x86_64 /usr/bin/boinc --daemon --dir /var/lib/boinc

Все пути даны по умолчанию:
* <code>/opt/mcst/rtc/bin/rtc_opt_rel_p1_x64_ob</code> - путь к бинарному транслятору (для случая хоста на основе Эльбрус-8С);
* <code>/opt/mcst/os_elbrus.3.0-rc34.x86_64</code> - путь к образу гостевой системы;
* <code>/usr/bin/boinc</code> - путь к бинарнику BOINC внутри образа гостевой системы;
* <code>/var/lib/boinc</code> - путь к рабочему каталогу BOINC внутри образа гостевой системы.

"Красиво" (graceful) завершить работу клиента можно, дав команду менеджером:

boinccmd --quit

Используется образ гостевой системы ОС Эльбрус 3.0-rc34. Для простоты установки сделан пакет, который можно сразу установить в систему (сам пакет весит 3,8 ГБ, на диске занимает около 20 ГБ в <code>/opt/mcst/</code>, время распаковки - примерно 15-20 минут) командой:

dpkg -i /net/patchouli/raid0/data/_NAS_NFS_Exports_/NAS_Public/src/astra/rtc/oselbrus/os-elbrus-image-x86-64-3.0-rc34_3.0.34-u1_all.deb

=== Особенности работы с проектами LHC@Home ===

По очевидным причинам (отсутствие аппаратной виртуализации) приложения LHC@home, требующие VirtualBox, запускать на "Эльбрусе" невозможно. Такими приложениями являются:
* ATLAS Simulation / vbox64_mt_mcore_atlas
* CMS Simulation / vbox64
* Theory Simulation / vbox64_mt_mcore

Однако, можно запускать аналоги этих приложений нативно. Это:
* ATLAS Simulation / native_mt
* Theory Native / native_theory

Кроме того, есть ещё приложения SixTrack и sixtracktest, с которыми проблем не наблюдается.

Стоит отметить, что на контрольной машине приложения ATLAS Simulation/vbox64_mt_mcore_atlas, CMS Simulation/vbox64 и Theory Simulation/vbox64_mt_mcore также не работают, поскольку не могут получить доступ к серверам CERN через прокси МЦСТ (см. [[Медиа: CMS_Log.txt]], [[Медиа: ATLAS_Log.txt]], [[Медиа: Theory_Log.txt]]). Вероятно, эта проблема не будет актуальна при работе с Linux-машин вне сети МЦСТ.

Для обоих упомянутых придожений (далее просто ATLAS и Theory) нужны определённые зависимости:
* ATLAS: cvmfs, singularity;
* Theory: cvmfs, libseccomp, ядро с поддержкой namespaces (например, 4.9.0-3.5-e8c - достаточно), cgroupfs, USER namespaces.

На данный момент USER namespaces имеют проблемы с бинарным транслятором; на эту проблему открыт [http://bugzilla.lab.sun.mcst.ru/bugz....cgi?id=114325 bug 114325]. Без решения этой проблемы Theory выпадает с ошибкой, см. [[Медиа: Theory_Native_Log.txt]]

==== Установка и использование cvmfs ====

CernVM-FS (cvmfs) - пакет монтирования удалённых файловых систем, разработанный CERN и использующийся в данном случае для доступа к образам и средствам работы с контейнерами, в которые оформлены программы расчётов, использующиеся в CERN, в том числе для инфраструктуры BOINC.

Немного информации по установке: [https://cvmfs.readthedocs.io/en/stab...uickstart.html тут] и [https://lhcathome.cern.ch/lhcathome/...?id=4971#38259 тут].

Установка на контрольной машине (Ubuntu 18.04):

apt install uuid libossp-uuid16
curl -O https://ecsft.cern.ch/dist/cvmfs/cvm....3.5_amd64.deb
curl -O https://ecsft.cern.ch/dist/cvmfs/cvm..._1.0-2_all.deb
dpkg -i ./cvmfs_2.3.5_amd64.deb ./cvmfs-config-none_1.0-2_all.deb

Сборка в нативном режиме:

* Скачиваем [https://github.com/cvmfs/cvmfs/archi...s-2.5.2.tar.gz исходники] и распаковываем;

* В архиве <code>externals/protobuf/protobuf-2.6.1.tar.bz2</code> заменяем файлы <code>config.guess</code>, <code>config.sub</code>, <code>gtest/build-aux/config.guess</code>, <code>gtest/build-aux/config.sub</code> на аналоги из поставки ОС Эльбрус (лежат в каталоге <code>/usr/share/automake-1.14</code>);

* К файлу <code>externals/sqlite3/src/sqlite3.c</code> прикладываем этот патч (до появления lcc-1.24, см. [http://bugzilla.lab.sun.mcst.ru/bugz...g.cgi?id=95334 bug 95334]):

@@ -28932,7 +28932,7 @@
** overflow, leave *pA unchanged and return 1.
*/
SQLITE_PRIVATE int sqlite3AddInt64(i64 *pA, i64 iB){
-#if GCC_VERSION>=5004000
+#if GCC_VERSION>=5004000 && !defined(__e2k__)
return __builtin_add_overflow(*pA, iB, pA);
#else
i64 iA = *pA;
@@ -28952,7 +28952,7 @@
#endif
}
SQLITE_PRIVATE int sqlite3SubInt64(i64 *pA, i64 iB){
-#if GCC_VERSION>=5004000
+#if GCC_VERSION>=5004000 && !defined(__e2k__)
return __builtin_sub_overflow(*pA, iB, pA);
#else
testcase( iB==SMALLEST_INT64+1 );
@@ -28967,7 +28967,7 @@
#endif
}
SQLITE_PRIVATE int sqlite3MulInt64(i64 *pA, i64 iB){
-#if GCC_VERSION>=5004000
+#if GCC_VERSION>=5004000 && !defined(__e2k__)
return __builtin_mul_overflow(*pA, iB, pA);
#else
i64 iA = *pA;

* Теперь собираем:
mkdir build
cd build
cmake -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/usr ..
make -j16
make install

* Первый и последний шаг (можно и все) также надо повторить и под бинарным транслятором.

Теперь как в основной нативной (хостовой) ОС, так и в транслируемой (гостевой) имеется набор ПО для поддержки cvmfs. Однако прокинуть работу с cvmfs в основную ОС из гостевой не удалось (даже при прокидывании каталогов <code>/var/lib/cvmfs</code>, <code>/var/run/cvmfs</code>) - поэтому придётся работать с помощью ssh из гостевой ОС в основную (иначе <code>cvmfs_config</code> просто не увидит cvmfs). Для этого заменим файл <code>/usr/bin/cvmfs_config</code> на следующий скрипт:
#!/bin/bash
ssh -i ~/.ssh/key.pk localhost -C cvmfs_config $@
Файл <code>/root/.ssh/key.pk</code> (путь внутри образа гостевой ОС) должен быть приватным ключом ssh-rsa; соответствующий публичный ключ надо добавить в <code>/root/.ssh/authorized_keys</code> в основной (хостовой) ОС.

Теперь необходимо настроить нативную cvmfs. Всё делаем в хостовой ОС:
* Добавляем пользователя:
useradd cvmfs -d /var/lib/cvmfs -m
* Устанавливаем прокси:
echo 'CVMFS_HTTP_PROXY="http://labproxy1.sun.mcst.ru:8080"' >> /etc/cvmfs/default.conf
* Создаём точки монтирования:
for i in atlas.cern.ch atlas-condb.cern.ch grid.cern.ch sft.cern.ch cernvm-prod.cern.ch; do mkdir -p /cvmfs/$i ; done
* Если мы хотим монтировать cvmfs при загрузке, то в файл <code>/etc/fstab</code> добавляем строчки:
atlas.cern.ch /cvmfs/atlas.cern.ch cvmfs defaults 0 0
atlas-condb.cern.ch /cvmfs/atlas-condb.cern.ch cvmfs defaults 0 0
cernvm-prod.cern.ch /cvmfs/cernvm-prod.cern.ch cvmfs defaults 0 0
grid.cern.ch /cvmfs/grid.cern.ch cvmfs defaults 0 0
sft.cern.ch /cvmfs/sft.cern.ch cvmfs defaults 0 0
Первые две вещи можно сделать и в гостевой ОС (но при этом важно добавлять пользователя с тем же UID, что и в хостовой ОС), но вроде бы, работает и без них, т.к. мы работаем через ssh (см. выше).

На контрольной машине сразу работает через fstab. Чтобы также это работало на Эльбрусе, модуль fuse надо добавить в список загружаемых модулей (<code>/etc/modules-`uname -r`</code>).

Если же мы не хотим автоматически монтировать cvmfs при загрузке, то её надо монтировать перед запуском BOINC:
modprobe fuse; for i in `ls /cvmfs` ; do mount -t cvmfs $i /cvmfs/$i ; done

При этом BOINC надо запускать, прокидывая средствами бинарного транслятора (ключ <code>-b</code>) каталог <code>/cvmfs</code> в гостевую ОС:
/opt/mcst/rtc/bin/rtc_opt_rel_p1_x64_ob --path_prefix /opt/mcst/os_elbrus.3.0-rc34.x86_64 -b /cvmfs -- /usr/bin/boinc --daemon --dir /var/lib/boinc

Полезные настройки cvmfs можно посмотреть [https://twiki.cern.ch/twiki/bin/view...puting/Cvmfs21 здесь] и [https://cvmfs.readthedocs.io/en/stab...configure.html здесь].

==== Настройка cgroupfs ====

Подсистема cgroupfs используется в контейнерах, запускаемых с помощью runc.

Для монтирования и проверки работоспособности используются два скрипта:
* Монтирование: [https://raw.githubusercontent.com/ti...cgroupfs-mount cgroupfs-mount]
* Проверка: [https://raw.githubusercontent.com/op...heck-config.sh check-config.sh]

При проверке важно обращать внимание на следующие строчки:
Generally Necessary:
- cgroup hierarchy: properly mounted [/sys/fs/cgroup]
- CONFIG_NAMESPACES: enabled
Optional Features:
- CONFIG_USER_NS: enabled
Если они такие, то всё должно быть нормально.

Удобно эти скрипты запускать перед запуском собственно BOINC, например, так:
* Положить оба скрипта, например, в <code>/root/</code> внутри образа гостевой ОС;
* Создать файл <code>/root/run_boinc</code> со следующим содержимым:

#!/bin/bash
/root/cgroupfs-mount
/root/check-config.sh
/usr/bin/boinc --daemon --dir /var/lib/boinc

* Запускать BOINC такой командой (из нативной ОС):

/opt/mcst/rtc/bin/rtc_opt_rel_p1_x64_ob --path_prefix /opt/mcst/os_elbrus.3.0-rc34.x86_64 -b /cvmfs -- /root/run_boinc

Если всё работает стабильно, то можно убрать запуск скрипта проверки.

==== Сборка libseccomp ====

Из-под бинарного транслятора делаем:

git clone https://github.com/seccomp/libseccomp
cd libseccomp
./autogen.sh
./configure --prefix=/usr
make -j16
make install
ln -s /usr/lib/libseccomp.so.0 /usr/lib/libseccomp.so.2

==== Сборка singularity ====

[http://singularity.lbl.gov/admin-guide Singularity] - одно из решений контейнеризации приложений, которое использует CERN для своих расчётов.

Без singularity нативный ATLAS выпадает с ошибкой, см. [[Медиа:ATLAS_Native_Log.txt]].

Для сборки singularity необходим компилятор go.

К сожалению, современный компилятор 1.12.5, поставляемый в бинарниках ([https://dl.google.com/go/go1.12.5.linux-amd64.tar.gz 1.12.5]), не работает под бинарным транслятором (см. [http://bugzilla.lab.sun.mcst.ru/bugz....cgi?id=114790 bug 114790]).

Была произведена попытка собрать go вручную (см. [https://golang.org/doc/install/source инструкцию]).

Всё делаем под бинарным транслятором:

* Собираем бутстрап:

mkdir gobootstrap
cd gobootstrap
wget https://dl.google.com/go/go1.4-boots...0171003.tar.gz
tar xf go1.4-bootstrap-20171003.tar.gz
cd go/src
export CGO_ENABLED=0
./all.bash

* Проверяем:

../bin/go run ../test/helloworld.go

* Если программа выдала "hello, world", то бутстрап работает.

* Собираем актуальную версию go:

cd ../../..
wget https://dl.google.com/go/go1.12.5.src.tar.gz
tar xf go1.12.5.src.tar.gz
cd go/src
CGO_ENABLED=1 GOROOT_BOOTSTRAP=`pwd`/../../gobootstrap/go ./all.bash
cd ../..
export GOPATH=`pwd`/go
export PATH=$PATH:$GOPATH/bin

Перед сборкой надо проверить, что транслятор имеет права записи в свой (гостевой) <code>/tmp</code> (см. [http://bugzilla.lab.sun.mcst.ru/bugz...i?id=114790#c2 bug 114790 comment 2]). Обычно это так и должно быть, но на всякий случай стоит проверить.

На этом этапе стоит отметить, что сборка под бинарным транслятором часто ломается с сообщениями типа "fork() failed" или "out of memory" от транслятора (см. [[Медиа:go_build_failure1.txt|лог 1]], [[Медиа:go_build_failure2.txt|лог 2]], [[Медиа:go_build_failure3.txt|лог 3]]), либо вообще зависает на этапе "Building Go toolchain2 using go_bootstrap and Go toolchain1", после чего висит более двух суток без каких-либо изменений в картине процессов (около 10 процессов go_bootstrap грузят процессорное ядро на 15-35 процентов каждый).

Повторяется это нестабильно, чёткой причины выяснить не получилось, соответственно сложно написать краткий тест (поэтому багрепорт не создан). На x86_64 сборка проходит без проблем (ОС Эльбрус 3.0-rc29). Однако, если собрать бинарники под x86_64 и потом попытаться запустить получившийся go на "Эльбрусе" через бинарный транслятор, то имеем ту же самую ошибку, что и в случае использования поставляемых бинарников.

На всякий случай: собранный go лежит по пути <code>/net/patchouli/raid0/data/_NAS_NFS_Exports_/NAS_Public/src/go/go1.12.5-binaries.tar.gz</code>.

Таким образом, сборка из исходников тоже не помогает. Поэтому придётся понижать версию go.

Было выяснено, что версия go 1.5.4 - самая последняя, в которой ошибка из [http://bugzilla.lab.sun.mcst.ru/bugz....cgi?id=114790 bug 114790] не проявляется. Ставим её (см. [https://golang.org/doc/install инструкцию]), распаковывая скачанный архив в <code>/usr/local</code> и прописывая путь к бинарнику go в <code>$PATH</code>.

Теперь собираем singularity ([https://lhcathome.cern.ch/lhcathome/...id=37042#37042 ссылка] на порядок сборки; там, правда, берётся последняя версия из [https://github.com/sylabs/singularity.git git]). Мы же соберём версию 3.2.0:

wget https://github.com/sylabs/singularit...y-3.2.0.tar.gz
tar xf singularity-3.2.0.tar.gz
cd singularity
mkdir go ; export GOPATH=`pwd`/go # <--- Нужно делать, если нет уже установленного GOPATH
go get -u -v github.com/golang/dep/cmd/dep
cd $GOPATH/src/github.com/sylabs/singularity
./mconfig
cd ./builddir
make -j16
sudo make install

Однако сборка не проходит дальше этапа с <code>./mconfig</code> из-за отсутствия <code>NO_NEW_PRIVS</code> (см. [https://www.kernel.org/doc/Documenta..._new_privs.txt документацию]):

checking: feature: NO_NEW_PRIVS... ERROR: Kernel does not support NO_NEW_PRIVS. Updated Kernel is required.

Проблема вынесена в [http://bugzilla.lab.sun.mcst.ru/bugz....cgi?id=114822 bug 114822].

Когда singularity будет собрана, её, вероятно, можно будет проверить таким образом (подразумевается, что cvmfs в системе имеется):

singularity exec -B /cvmfs /cvmfs/atlas.cern.ch/repo/images/singularity/x86_64-slc6.img hostname

== Работа в нативном режиме ==

BOINC поддерживает режим [https://boinc.berkeley.edu/wiki/anonymous_platform анонимной платформы]. В этом режиме по очевидным причинам с серверов проектов нельзя будет скачивать бинарники для исполнения, клиент BOINC будет оперировать теми бинарниками, которые ему будут подложены, скачивая с сайтов проекта исключительно файлы заданий. Бинарники нужно будет собрать самостоятельно.

На данный момент нативный BOINC развёрнут на машине kaguya.

В общем случае boinc запускается командой:

/usr/bin/boinc --daemon --dir /var/lib/boinc

Все пути даны по умолчанию:
* <code>/usr/bin/boinc</code> - путь к бинарнику BOINC;
* <code>/var/lib/boinc</code> - путь к рабочему каталогу BOINC.

"Красиво" (graceful) завершить работу клиента можно, дав команду менеджером:

boinccmd --quit

=== Примеры проектов, поддерживающих режим анонимной платформы ===

Из упомянутых в начале статьи проектов такими проектами являются:
* RakeSearch (Rake search of diagonal latin squares) - работает.
* Separation (Milkyway@home) - работает.

В процессе проверки:
* Gravitational wave search application (Einstein@home) - заявлена поддержка, в процессе.
* Binary radio pulsar search (Einstein@home) - заявлена поддержка, в процессе.

Пока не работают, но возможна починка:
* N-Body (Milkyway@home) - не собирается, см. ниже.
* SixTrack (LHC@home) - не собирается, см. ниже.

Принципиально не могут работать:
* Period Search (Asteroids@home) - cудя по всему, не поддерживается, судя по [http://asteroidsathome.net/boinc/for...hp?id=728#6157 этой теме] на форуме. Есть исходники самого расчётного приложения, но нет исходников адаптированной для BOINC версии.
* [https://github.com/marius311/lsplitsims planck_param_sims] (Cosmology@Home) - требует docker, которого у нас пока нет [http://bugzilla.lab.sun.mcst.ru/bugz....cgi?id=111934 bug 111934], а также, [https://www.cosmologyathome.org/faq.php#camb-legacy судя по всему], и аппаратную виртуализацию.
* [https://github.com/marius311/camb_boinc2docker camb_boinc2docker] (Cosmology@Home) - требует docker, которого у нас пока нет [http://bugzilla.lab.sun.mcst.ru/bugz....cgi?id=111934 bug 111934], а также, [https://www.cosmologyathome.org/faq.php#camb-legacy судя по всему], и аппаратную виртуализацию.
* camb_legacy (Cosmology@Home) - похоже, нет исходников. Есть что-то похожее [https://github.com/marius311/CAMB здесь], но не собирается, говоря "ошибка: переменная цикла не найдена, цикл нельзя использовать в конструкции omp for".

Проекты Universe@home и LHC@home не имеют приложений с открытыми исходниками (кроме SixTrack у последнего).

=== Сборка RakeSearch ===

* Загружаем и распаковываем [https://github.com/sirzooro/RakeSear...ve/v1.1.tar.gz исходники], переходим в каталог <code>RakeSearch-1.1/RakeDiagSearch/RakeDiagSearch</code>;
* В <code>Makefile</code> в переменной <code>BOINC_DIR</code> указываем путь к каталогу, где собирался BOINC (т.е. где лежат каталоги <code>api</code> и <code>lib</code>);
* Убираем из <code>Makefile</code> параметр <code>-static-libstdc++</code> и добавляем в строку с <code>-march=native -mtune=native</code> параметры <code>-mavx2 -msse2</code>;
* Добавляем в начало <code>Makefile</code> строки:

Native=1
SSE2=1
AVX=1
AVX2=1

* Собираем приложение, сделав <code>make -j4</code>;
* Копируем получившийся файл <code>rakesearch</code> в <code>/var/lib/boinc-client/projects/rake.boincfast.ru_rakesearch</code> (подразумевается, что клиент BOINC настроен и работает, а также подключен к проекту RakeSearch, либо с помощью удалённого менеджера аккаунтов типа [https://boincstats.com/en/bam/ BOINCstats BAM!], либо вручную);
* Из [https://github.com/sirzooro/RakeSear...4_avx2_v11.tgz бинарного пакета приложения] той же версии берём файл <code>app_info.xml</code> и кладём его в тот же каталог;
* В этом <code>app_info.xml</code> убираем строчку с параметром <code>platform</code>.

После этого можно запускать BOINC и обновлять проект. Будут загружены задания, и начнётся их выполнение.

=== Сборка приложений Milkyway@home ===

* Клонируем исходники: <code>git clone https://github.com/Milkyway-at-home/...yathome_client ; cd milkywayathome_client</code>;
* В <code>.gitmodules</code> заменяем все URL-ы <code>git://</code> на <code>https://</code> (прокси МЦСТ не пропускает их);
* Скачиваем зависимости: <code>git submodule init ; git submodule update --recursive</code>;
* В <code>CMakeLists.txt</code> убираем <code>-funswitch-loops</code> и <code>-freg-struct-return</code>;
* В <code>milkyway/include/milkyway_config.h.in</code> после строк
#elif defined(__mips)
#define ARCH_STRING "MIPS"
добавляем строки:
#elif defined(__e2k__)
#define ARCH_STRING "E2K"
* Там же заменяем строчку <code>#define MW_ALIGN_TYPE __attribute__((aligned))</code> на <code>#define MW_ALIGN_TYPE __attribute__((aligned(16)))</code> (см. [http://bugzilla.lab.sun.mcst.ru/bugz....cgi?id=114897 bug 114897]);
* В <code>separation/include/probabilities.h</code> заменяем две строки <code>#if MW_IS_X86</code> на <code>#if MW_IS_X86 || defined(__e2k__)</code>;
* Там же (<code>separation/src/probabilities_dispatch.c</code>), чтобы включить поддержку AVX и SSE, блок
hasAVX = mwHasAVX(abcd) && mwOSHasAVXSupport();
hasSSE41 = mwHasSSE41(abcd);
hasSSE3 = mwHasSSE3(abcd);
hasSSE2 = mwHasSSE2(abcd);
заменяем на
#if defined(__e2k__)
hasAVX = hasSSE41 = hasSSE3 = hasSSE2 = 1;
#else
hasAVX = mwHasAVX(abcd) && mwOSHasAVXSupport();
hasSSE41 = mwHasSSE41(abcd);
hasSSE3 = mwHasSSE3(abcd);
hasSSE2 = mwHasSSE2(abcd);
#endif
* В <code>separation/CMakeLists.txt</code>, поскольку нашему компилятору надо не включать поддержку SSE/AVX, а отключать её, если надо, добавляем:

if(SYSTEM_IS_E2K AND DOUBLEPREC AND NOT SEPARATION_CRLIBM)
add_library(separation_core_sse2 STATIC src/probabilities_sse2.c ${core_headers})
add_library(separation_core_sse3 STATIC src/probabilities_sse2.c ${core_headers})
add_library(separation_core_sse41 STATIC src/probabilities_sse2.c ${core_headers})
add_library(separation_core_avx STATIC src/probabilities_sse2.c ${core_headers})
target_compile_options(separation_core_sse2 PRIVATE "-U__SSE3__" "-U__SSSE3__" "-U__SSE4_1__" "-U__SSE4_2__" "-U__SSE4A__" "-U__AVX__" "-U__AVX2__")
target_compile_options(separation_core_sse3 PRIVATE "-U__SSE4_1__" "-U__SSE4_2__" "-U__SSE4A__" "-U__AVX__" "-U__AVX2__")
target_compile_options(separation_core_sse41 PRIVATE "-U__AVX__" "-U__AVX2__")
list(APPEND separation_core_libs separation_core_sse2 separation_core_sse3 separation_core_sse41 separation_core_avx)
endif()

* В <code>boinc/boinc/lib/crypt.h</code> исправляем строчку ifdef-а, ограничивающего <code>HAVE_OPAQUE_EVP_PKEY</code> и <code>HAVE_OPAQUE_RSA_DSA_DH</code> на следующую: <code>#if (OPENSSL_VERSION_NUMBER >= 0x10100000L) && (!defined(LIBRESSL_VERSION_NUMBER))</code>;
* Собираем: <code>mkdir build ; cd build ; cmake .. ; make -j16</code>.
* Копируем бинарники из <code>build/bin</code> в каталог <code>/var/lib/boinc/projects/milkyway.cs.rpi.edu_milkyway</code>;
* Создаём файл <code>/var/lib/boinc/projects/milkyway.cs.rpi.edu_milkyway/app_info.xml</code> следующего содержания:

<app_info>
<app>
<name>milkyway</name>
</app>
<file_info>
<name>milkyway_separation</name>
<executable/>
</file_info>
<app_version>
<app_name>milkyway</app_name>
<version_num>102</version_num>
<file_ref>
<file_name>milkyway_separation</file_name>
<main_program/>
</file_ref>
</app_version>
<app>
<name>milkyway_nbody</name>
<user_friendly_name>MilkyWay@Home nbody Simulation</user_friendly_name>
</app>
<file_info>
<name>milkyway_nbody</name>
<executable/>
</file_info>
<app_version>
<app_name>milkyway_nbody</app_name>
<version_num>84</version_num>
<file_ref>
<file_name>milkyway_nbody</file_name>
<main_program/>
</file_ref>
</app_version>
</app_info>

* Перезапускаем BOINC и обновляем проект.

=== Сборка SixTrack (LHC@home) ===

Прежде всего заходим в каталог где собирался BOINC (далее <code>$BOINC_HOME</code>) и собираем поддержку fortran:

cd $BOINC_HOME/api
make boinc_api_fortran.o

Клонируем куда-нибудь SixTrack, фиксим параметры сборки и выкачиваем зависимости:

git clone https://github.com/SixTrack/SixTrack.git
cd SixTrack
sed -i 's/-mno-avx -mno-avx2//g' CMakeLists.txt
git submodule update --init

Файл <code>source/constants.f90</code> нужно отредактировать так, чтобы блок <code>#ifdef DOUBLE_MATH</code> выглядел так:

#ifdef DOUBLE_MATH
#ifdef __e2k__
real(kind=fPrec), parameter :: pi = 3.141592653589793238462643383279502884197169399375105820974_fPrec
real(kind=fPrec), parameter :: pi2 = 0.5_fPrec*pi
real(kind=fPrec), parameter :: twopi = 2.0_fPrec*pi
real(kind=fPrec), parameter :: pisqrt = sqrt(pi)
real(kind=fPrec), parameter :: inv_ln2 = 1.442695040888963407359924681001892137426645954152985934135_fPrec
real(kind=fPrec), parameter :: rad = pi/180.0_fPrec
#else
real(kind=fPrec), parameter :: pi = transfer(z'400921fb54442d18',1.0_fPrec)
real(kind=fPrec), parameter :: pi2 = transfer(z'3ff921fb54442d18',1.0_fPrec)
real(kind=fPrec), parameter :: twopi = transfer(z'401921fb54442d18',1.0_fPrec)
real(kind=fPrec), parameter :: pisqrt = transfer(z'3ffc5bf891b4ef6a',1.0_fPrec)
real(kind=fPrec), parameter :: inv_ln2 = transfer(z'3ff71547652b82fe',1.0_fPrec)
real(kind=fPrec), parameter :: rad = transfer(z'3f91df46a2529d39',1.0_fPrec)
#endif

Теперь собираем (сначала зависимости - zlib и libarchive, потом собственно sixtrack):

cd lib
./buildZlib.sh
ZLIB_BASE=`pwd`/zlib ./buildLibarchive.sh
cd ..
mkdir build
cd build
cmake -DCR=ON -DBOINC=ON -DBOINC_DIR=$BOINC_HOME -DAPI=ON -DLIBARCHIVE=ON -DAVX2=ON -DCMAKE_EXE_LINKER_FLAGS=-lacl ..
make -j16

Сборка до конца не проходит из-за [http://bugzilla.lab.sun.mcst.ru/bugz....cgi?id=114943 bug 114943] и [http://bugzilla.lab.sun.mcst.ru/bugz....cgi?id=114938 bug 114938]. Когда они будут починены, нужно будет дособрать SixTrack до конца, положить бинарник в каталог <code>/var/lib/boinc/projects/lhcathome.cern.ch_lhcathome</code> и создать там же такой файл <code>app_info.xml</code> (взято [https://www.planet3dnow.de/vbulletin...57#post5240257 отсюда]):

<app_info>
<app>
<name>sixtrack</name>
</app>
<file_info>
<name>sixtrack</name>
<executable/>
</file_info>
<app_version>
<app_name>sixtrack</app_name>
<version_num>50205</version_num>
<file_ref>
<file_name>sixtrack</file_name>
<main_program/>
</file_ref>
</app_version>
</app_info>

''Этот раздел будет дописан позже.''

== Ошибки и проблемы, обнаруженные при работе с BOINC ==

1. Иногда на контрольной машине VirtualBox тупит; это приводит к тому, что задачи LHC@home отказываются работать со странными ошибками в логах (с помощью boinctui можно посмотреть номер слота задачи и перейти в тот каталог внутри <code>/var/lib/boinc-client/slots/</code>, там можно найти лог). Это связано с тем, что файл <code>/var/lib/boinc-client/.config/VirtualBox/VirtualBox.xml</code> отчего-то становится нулевого размера. К счастью, рядом в том же каталоге обычно лежит бэкап этого файла, его можно восстановить простым копированием.

2. В транслируемом режиме не работают задачи "Continuous Gravitational Wave search O2 All-Sky" и "Gravitational Wave Engineering run on LIGO O1 Open Data" из проекта Einstein@home. Проблема локализована в рамках [http://bugzilla.lab.sun.mcst.ru/bugz....cgi?id=111282 bug 111282]; ожидается появление новой версии rtc-3.3, c ним эта задача должна заработать.

3. Иногда boinc при запуске из командной строки не позволяет подключиться с другого хоста. Чтобы это разрешить, нужно в командную строку запуска добавить праметр <code>--allow_remote_gui_rpc</code>.

Характеристики процессора Эльбрус
processor : 0
vendor_id : E8C
cpu family : 4
model : 7
model name : E8C
revision : 2
cpu MHz : 1199.993620
L1 cache size : 64 KB
L1 cache line length : 32 bytes
L2 cache size : 512 KB
L2 cache line length : 64 bytes
L3 cache size : 16384 KB
L3 cache line length : 64 bytes
bogomips : 2401.12

[SETI_home_v8]

Уважаемые волонтеры,

Мы рады сообщить о выпуске в производство (приложение SixTrack) новых ex-файлов для текущей профессиональной версии (v5.02.05). У нас есть новые exe для FreeBSD (avx / sse2), exe для XP-хостов (32bit), исполняемый файл aarch64 для Linux и один для Android. Большое спасибо Джеймсу, Кирре и Веронике за то, что нашли время для их производства.

Распространение exe-файлов, совместимых с хостами XP, - это не способ побудить людей оставаться с неподдерживаемыми ОС, а скорее пробный переход к более новым ОС. Таким образом, люди с XP-хостами не упускают возможности внести свой вклад в нынешнюю волну задач SixTrack (ожидается, что она будет довольно продолжительной) при рассмотрении вариантов обновления своих хостов. В то же время мы изучаем 32-битные версии Linux. Следует отметить, что все Win-exe распространяются без нацеливания на конкретные версии ядра - следовательно, хосты XP могут получать задачи с обычными exe-файлами Windows, которые немедленно выходят из строя, но сервер BOINC должен быстро узнать, что XP-совместимый exe-файл является подходящим.

Мы также очень рады начать вовлекать пользователей freeBSD и Android в нашу производственную цепочку. Для последней платформы нынешний exe не будет работать на версиях Android> = 8 - Джеймс все еще изучает это. Поскольку фильтрация версий Android требует исправления на стороне планировщика:
https://github.com/BOINC/boinc/issues/3172
мы пометили Android exe как бета-версию. Следовательно, пользователям бета-версии Sixtrack с Android 8 и более поздними версиями не следует запрашивать задачи для этого хоста или снимать флажок тестовых приложений в их настройках проекта LHC @ home.

Мы также стремимся к выпуску exe-файлов MacOS, и мы должны скоро их протестировать на шестиступенчатом тесте.

Спасибо за вашу постоянную поддержку и помощь,
Алессио, для команды SixTrack

[Smirnoff]

Цитата (SETI_home_v8) »

Мы также очень рады начать вовлекать пользователей freeBSD и Android в нашу производственную цепочку. Для последней платформы нынешний exe не будет работать на версиях

Подозреваю, что "новый .exe" вообще ни на каких версиях FreeBSD, Линукс и/или Android работать не станет - ибо в этих ОС исполняемые файлы называются существенно иначе...

[SETI_home_v8]

Цитата (Smirnoff) »

Подозреваю, что "новый .exe" вообще ни на каких версиях FreeBSD, Линукс и/или Android работать не станет - ибо в этих ОС исполняемые файлы называются существенно иначе...

возможно, имелось ввиду исполняемые файлы, что бы основным пользователям было понятно...

[Smirnoff]

Цитата (SETI_home_v8) »

возможно, имелось ввиду

Я потому и написал " в которых сам SETI_home_v8 ничего не понимает... ", что ты лишь тупо копипастишь - не давая себе труда хотя-бы прочитать, не то что - понять...

[SETI_home_v8]

Цитата (Smirnoff) »

Я потому и написал " в которых сам SETI_home_v8 ничего не понимает... ", что ты лишь тупо копипастишь - не давая себе труда хотя-бы прочитать, не то что - понять...

Я не понимаю, зато другие увидят и поймут, ну или хотя бы заинтересуются....

[SETI_home_v8]

ЗА любовь к науке
(Перевод через гугл-переводчик)
https://www.tacc.utexas.edu/-/for-the-love-of-science
Научные энтузиасты, исследователи и студенты получают выгоду от работы на добровольных началах с использованием BOINC @ TACC.
(Суперкомпьютер TACC Stampede2, расположенный в J.J. Pickle Research Campus в Техасском университете в Остине. Stampede2 предоставляет возможности высокопроизводительных вычислений тысячам исследователей в США. Осенью 2017 года она была полностью запущена в производство как система из 18 петафлопов, основанная на успехах исходного замененного кластера Stampede.)
Вам не нужно быть ученым, чтобы участвовать в исследовательских проектах в таких областях, как биомедицина, физика, астрономия, искусственный интеллект или науки о Земле.
Используя специализированное программное обеспечение с открытым исходным кодом из проекта Berkeley Open Infrastructure for Network Computing (BOINC), сотни тысяч домашних и рабочих компьютеров используются для добровольных вычислений с использованием пользовательских устройств и организационных ресурсов. За последние 17 лет, при финансировании, главным образом Национального научного фонда (ННФ), BOINC в настоящее время используется 38 проектами и более чем полмиллиона компьютеров, на которых работают эти проекты по всему миру.
Дэвид Андерсон, основатель BOINC, является научным сотрудником Лаборатории космических наук Университета Калифорнии в Беркли. Его целью в создании BOINC было создание программного обеспечения для обработки деталей распределенных вычислений, чтобы ученым не пришлось этого делать.
«Я хотел создать новый способ проведения научных вычислений в качестве альтернативы сеткам, кластерам и облакам», - сказал Андерсон. «Будучи программной системой, BOINC был очень успешным. Он развивался без особых трудностей роста для обработки многоядерных процессоров, всевозможных графических процессоров, виртуальных машин и контейнеров, и мобильных устройств Android».
Техасский центр расширенных вычислений (TACC) начал свой собственный проект в 2017 году - BOINC @ TACC -, который поддерживает виртуализированные, параллельные, облачные приложения и приложения на базе графических процессоров, что позволяет общественности помогать решать научные проблемы. BOINC @ TACC - это первое использование добровольных вычислений крупным центром высокопроизводительных вычислений (HPC).
«BOINC @ TACC - отличный проект для того, чтобы сделать широкую публику ключевым вкладчиком в научно-технические проекты», - говорит Риту Арора, научный сотрудник TACC и руководитель проекта.
https://boinc.tacc.utexas.edu/
«Мы любим взаимодействовать с людьми в сообществе, которые могут стать научными энтузиастами и связываться с TACC и генерировать осведомленность о научных проектах», - сказала Арора. «И, что важно для студентов и исследователей, всегда существует неудовлетворенный спрос на вычислительные циклы. Если у нас есть способ соединить эти два сообщества, мы удовлетворяем основную потребность».
Волонтер BOINC Дик Дагган - ИТ-специалист на пенсии, живет в Массачусетсе и более десяти лет занимается энтузиастами компьютерных технологий.
«Я ботаник-физик. Это мои любимые проекты», - сказал он. «Я делаю вычислительные циклы во многих проектах, включая Большой адронный коллайдер (LHC). LHC занимается современной физикой - они делают физику на краю того, что мы знаем о вселенной, и продвигаем этот край дальше."
Дагган использует свой ноутбук, настольный компьютер, планшет и Raspberry Pi, чтобы обеспечить вычислительные циклы для BOINC @ TACC. «Когда мой телефон подключен и заряжен, он также запускает BOINC @ TACC».
Присоединиться к BOINC @ TACC очень просто: зарегистрируйтесь как волонтер, настройте свое устройство и выберите свои проекты.
Вычислительные циклы на более чем 1300 вычислительных устройствах были предложены для проекта BOINC @ TACC, и более 300 устройств обработали задания, представленные с использованием инфраструктуры BOINC @ TACC. Суммарная мощность компьютера, доступная через ЦП на добровольных устройствах, составляет около 3,5 терафлопс (или 3,5 триллиона операций с плавающей запятой в секунду).
(Карлос Редондо (слева) и Риту Арора (справа). Редондо - старший специалист по аэрокосмической технике в UT Austin, разработчик проекта BOINC @ TACC и исследователь-исследователь, использующий инфраструктуру. Арора является научным сотрудником TACC и руководителем проекта BOINC @ TACC.)
Почему BOINC @ TACC?
Ни для кого не секрет, что вычислительные ресурсы пользуются большим спросом, а исследователям с самыми высокими вычислительными требованиями требуются суперкомпьютерные системы. Доступ к самым мощным суперкомпьютерам в мире, таким как ресурсы TACC, важен для развития науки во всех дисциплинах. Однако из-за ограниченности финансирования эти ресурсы всегда испытывают неудовлетворенную потребность.
Риту Арора, научный сотрудник TACC и руководитель проекта BOINC @ TACC)
«BOINC @ TACC помогает заполнить пробел в том, что нужно исследователям и студентам, и что в настоящее время им могут предоставить суперкомпьютерные центры открытой науки», - сказала Арора.
Исследователи из UT Остин; любое из 14 учреждений системы UT; а исследователи по всей стране через XSEDE, национальную передовую вычислительную инфраструктуру в США, приглашаются отправлять научные работы в BOINC @ TACC.
https://www.xsede.org/
Чтобы помочь исследователям с этой неудовлетворенной потребностью, TACC начала сотрудничество с Андерсоном в Калифорнийском университете в Беркли, чтобы выяснить, как центр может передать высокопроизводительные вычислительные задания в BOINC.
Когда исследователь готов представить проекты через BOINC @ TACC, все, что ему нужно сделать, это войти в систему TACC и запустить программу со своей учетной записи, которая зарегистрирует их для BOINC @ TACC, согласно Arora. После этого исследователь может продолжить запуск программ, которые помогут им (1) решить, является ли BOINC @ TACC подходящей инфраструктурой для выполнения их заданий; и (2) отправлять квалифицированные высокопроизводительные вычислительные задания через интерфейс командной строки. Исследователи также могут отправлять задания через веб-интерфейс.
Например, вместо работы, выполняемой в Stampede2, она может выполняться на домашнем или рабочем компьютере добровольца.
«Наше программное обеспечение соответствует типу ресурсов для работы и тому, что доступно в сообществе», - сказала Арора. «Тесно связанные приложения, требующие большого объема вычислений, ввода-вывода и памяти, не подходят для работы в инфраструктуре BOINC @ TACC. Поэтому такие задания отфильтровываются и передаются для запуска на Stampede2 или Lonestar5 вместо BOINC @ TACC, - пояснила она.
Значительное число высокопроизводительных вычислительных заданий также выполняется в системах TACC в дополнение к тесно связанным заданиям MPI. Эти высокопроизводительные вычислительные задания состоят из больших наборов слабо связанных задач, каждая из которых может выполняться независимо и параллельно с другими задачами. Некоторые из этих высокопроизводительных вычислительных заданий имеют скромные потребности в памяти и вводе / выводе и не предполагают фиксированного времени выполнения. Такие задания могут выполняться в инфраструктуре BOINC @ TACC.
«Работа на добровольных началах хорошо подходит для такой нагрузки», - сказал Андерсон. «Идея BOINC @ TACC состоит в том, чтобы разгрузить эти задания на сервер BOINC, освобождая суперкомпьютеры для тесно связанных параллельных заданий, которые в них нуждаются».
Для начала команда TACC развернула экземпляр сервера BOINC на платформе облачных вычислений. Затем команда разработала программное обеспечение для интеграции BOINC с платформами суперкомпьютеров и облачных вычислений. В ходе этого процесса команда проекта разработала и выпустила инновационные программные компоненты, которые могут использоваться сообществом для поддержки проектов из различных областей. Например, облачная общая файловая система и инфраструктура для создания образов Docker, разработанные в этом проекте, могут быть полезны для различных проектов научных шлюзов.
Как только проект начал работать, добровольцы с энтузиазмом начали регистрироваться. Количество исследователей, использующих BOINC @ TACC, постепенно увеличивается.
Карлос Редондо, старший специалист по аэрокосмическому проектированию в UT Austin, является разработчиком проекта BOINC @ TACC и исследователем, использующим инфраструктуру.
«Стимулом для исследователей в использовании компьютеров на добровольных началах является то, что они экономят на распределении своих проектов», - сказал Редондо. «Но исследователи должны помнить, что число ядер на добровольных системах будет небольшим, и у них нет специальной оптимизации, которую имеют серверы в TACC», - сказал Редондо.
Будучи студентом-исследователем, Редондо представил несколько рабочих мест по вычислительной гидродинамике через BOINC @ TACC. В этой области компьютеры используются для моделирования потока жидкости и взаимодействия жидкости (жидкости и газы) с поверхностями. Суперкомпьютеры могут достигать лучших решений и часто требуются для решения самых больших и самых сложных проблем.
(Визуализация ParaView вычислительной задачи по гидродинамике с использованием BOINC @ TACC. Имитация потока жидкости в двумерной квадратной полости (отверстии), ограниченной твердыми поверхностями с трех сторон с постоянной скоростью на вершине. Полученные результаты были идентичны полученным на Stampede2. Источник: Карлос Редондо)
«Результаты с точки зрения числа, полученного от устройств добровольцев, были точно такими, как ожидалось, и также идентичны тем, которые работают на Stampede2», сказал он.
По словам Редондо, поскольку задания выполняются всякий раз, когда компьютеры добровольцев становятся доступными, время обработки данных у исследователей больше, чем в Stampede2. «Важно, что, если волонтер решит остановить работу, BOINC @ TACC автоматически защитит ход выполнения, защитит данные и сохранит результаты».
Технический вклад TACC в BOINC
Программное обеспечение BOINC работает "из коробки". То, что он не поддерживает, это программное обеспечение для непосредственного приема на работу от суперкомпьютеров.
«Мы интегрируем программное обеспечение BOINC с программным обеспечением, которое работает на суперкомпьютерных устройствах, чтобы эти две части могли общаться друг с другом, когда нам нужно перенаправить квалифицированные высокопроизводительные вычислительные задания от суперкомпьютеров к добровольным устройствам. Другая часть, которую внес TACC, расширяется BOINC для платформ облачных вычислений ", сказал Арора.
В отличие от других проектов BOINC, инфраструктура BOINC @ TACC может выполнять задания на виртуальных машинах (ВМ), работающих в системах облачных вычислений. Эти системы особенно полезны для задач графического процессора и для обеспечения определенного качества обслуживания исследователей. «Если пул добровольных ресурсов сократится, мы сможем направить задания на системы облачных вычислений и оправдать ожидания исследователей. Это еще один уникальный вклад проекта», - сказала Арора.
BOINC @ TACC также впервые использует Docker для упаковки пользовательских научных приложений, чтобы они могли работать на добровольных ресурсах.
Кроме того, проектная команда планирует сотрудничать с компаниями, которые могут иметь программы корпоративной социальной ответственности для запроса вычислительных циклов на своих офисных компьютерах или системах облачных вычислений.
«У нас есть возможность использовать офисные настольные и портативные компьютеры, а также виртуальные машины в облаке. Мы продемонстрировали, что способны маршрутизировать задания от Stampede2 до систем облачных вычислений TACC, Chameleon и Jetstream, через инфраструктуру BOINC @ TACC. "Арора сказал.
Андерсон заключил: «Мы надеемся, что BOINC @ TACC обеспечит историю успеха, которая побудит другие крупные научные вычислительные центры использовать тот же подход. Это принесет пользу тысячам специалистов в области вычислительной техники и, мы надеемся, значительно увеличит популяцию добровольцев».
Дик Дагган выразил общее мнение добровольцев BOINC, что люди хотят сделать это ради любви к науке. «Это самое малое, что я могу сделать. Возможно, я не ученый, но я чего-то достигаю… и это интересно», - сказал Дагган.
Подробнее: Программная инфраструктура, разработанная TACC для маршрутизации заданий от систем TACC к добровольным устройствам и системам облачных вычислений, описана в этом документе. (https://link.springer.com/chapter/10...81-13-7729-7_8 )
BOINC @ TACC финансируется за счет премии NSF № 1664022. Участники проекта благодарны TACC, XSEDE и Общественному институту Science Gateway (SGCI) за предоставление ресурсов, необходимых для реализации этого проекта.
(Мы надеемся, что BOINC @ TACC обеспечит историю успеха, которая мотивирует другие крупные научные вычислительные центры использовать тот же подход. Это принесет пользу тысячам ученых и, мы надеемся, значительно увеличит популяцию добровольцев.
Дэвид Андерсон, основатель BOINC и научный сотрудник лаборатории космических наук Университета Калифорнии в Беркли)
article (1).jpg

article.jpg

article.png

[SETI_home_v8]

Туберкулез не знает границ
Одна треть населения земного шара питается туберкулезной бактерией, и в 2014 году от этой болезни погибло 1,5 миллиона человек, что делает ее одной из самых смертельных болезней в мире. Вы можете помочь исследователям узнать больше об этой болезни и о том, как ее преодолеть.
Туберкулез (ТБ) и BOINC
Туберкулез (ТБ) - одно из самых опасных заболеваний в мире, которое поражает людей в течение тысяч лет. Около трети населения мира питается туберкулезной бактерией, при этом только в 2014 году умирает 1,5 миллиона человек, и Всемирная организация здравоохранения в настоящее время считает туберкулез наряду с ВИЧ самой опасной инфекционной болезнью в мире. Благодаря помощи «Остановим туберкулез» исследователи используют систему World Community Grid для борьбы с этой смертельной болезнью.
Фон
Mycobacterium tuberculosis - медленный убийца, который часто остается бездействующим в течение длительных периодов времени, прежде чем воспользоваться возможностью превратиться в активное заболевание туберкулезом. Плохое питание, старость или ослабленная иммунная система могут ускорить начало активного туберкулеза. Это воздушно-капельное заболевание, чаще всего распространяющееся от одного человека к другому через каплю от кашля, попадающего в чьи-то легкие. Симптомы могут начаться с кашля, потери веса и лихорадки, перерасти в затрудненное дыхание и кашель с кровью и могут распространиться на другие органы.
Проблема
Хотя для борьбы с туберкулезом были разработаны вакцина и несколько препаратов, туберкулезная бактерия развивает устойчивость к доступным методам лечения. Медикаментозное лечение может длиться до двух лет, но, когда пациенты прерывают или прекращают лечение, у бактерий может развиться резистентность. Это, наряду с непостоянной доступностью лекарств и повышенным риском заражения ВИЧ-инфицированных пациентов с ослабленной иммунной системой, все это способствовало возобновлению заболевания. Почти половина европейских случаев в настоящее время устойчива по крайней мере к одному препарату, а 4% всех случаев в мире устойчивы к комбинации препаратов.
Предложенное решение
Бактерия имеет необычный слой, который защищает ее от многих лекарств и иммунной системы пациента. Среди жиров, сахаров и белков в этой оболочке туберкулезная бактерия содержит жирные молекулы, называемые миколиновой кислотой. Программа Help Stop TB будет использовать огромное количество вычислительной мощности, предоставляемой членами World Community Grid, для моделирования поведения этих молекул в их многочисленных конфигурациях, чтобы лучше понять, как они защищают бактерии ТБ. Ученые надеются использовать полученную информацию, чтобы наконец разработать более эффективные методы лечения этой смертельной болезни.
Хотите принять участие в борьбе с туберкулезом, тогда, Вам сюда:
https://boinc.berkeley.edu/wiki/Simple_view
https://boinc.berkeley.edu/download_all.php

[SETI_home_v8]

hstb_update_ma_folds.jpg
Автор: Команда «Помогите остановить туберкулез»
Ноттингемский университет
17 августа 2017
Резюме
Проект «Помогите остановить туберкулез» оказывается наиболее полным исследованием миколиновых кислот, которое когда-либо проводилось, что будет иметь огромное значение для всех исследователей, которые заинтересованы в том, как эти молекулы защищают бактерии. В этом обновлении исследователи описывают складки миколиновой кислоты, которые никогда не были детализированы, и объясняют, как они планируют продолжить исследование этой новой территории по мере продолжения проекта.
Привет всем, и спасибо, что уделили время вашему компьютеру, чтобы помочь остановить туберкулез!
Бактерия, вызывающая туберкулез (микобактерии туберкулеза), имеет необычное покрытие, которое защищает ее от многих лекарств и иммунной системы пациента. Это покрытие включает в себя жирные молекулы, называемые миколиновой кислотой. Проект «Помогите остановить туберкулез» использует компьютерное моделирование для моделирования поведения этих миколиновых кислот во многих их конфигурациях, чтобы лучше понять, как они защищают бактерии от туберкулеза. Это может помочь ученым разработать более эффективные методы лечения этой смертельной болезни.
Изучение миколиновых кислот
Со времени нашего последнего обновления в феврале команда сосредоточилась на анализе данных моделирования, которые мы получили от World Community Grid, и придумала содержательные выводы о том, как различные конфигурации миколиновых кислот могут обеспечить защиту от бактерий ТБ. Складки миколиновой кислоты, о которых мы поговорим в этом разделе, ранее не были описаны, и никогда не было такого углубленного изучения складок миколиновой кислоты и их связи друг с другом.
Мы продолжаем анализировать данные, используя инструментарий, который мы более подробно описали в нашем предыдущем обновлении проекта. Вкратце, основные аналитические методы, которые мы используем, включают комбинацию кластеризации PCA (анализ основных компонентов), использование инструмента, разработанного в Аптечной школе при Ноттингемском университете, и расчеты дистанционной матрицы. Пример различной информации, которую мы можем извлечь из расчетов матрицы расстояний, можно найти ниже.
Эта фигура является иллюстрацией матрицы расстояний для двух сгибов; складка «узел» и складка с пятью цепями. Эти складки миколиновой кислоты не были описаны ранее. На этом рисунке показано, что эти различные сгибы (слева) на самом деле связаны между собой и имеют зависимости друг от друга, как это видно из их матриц среднего расстояния (справа), которые визуально очень похожи. Это сходство дополнительно подтверждается расчетами среднеквадратичного отклонения (RMSD).
Эти различные схемы свертывания в настоящее время анализируются для всего набора данных, полученных из World Community Grid. Эти данные также включают моделирование при разных температурах и для разных растворителей. Таким образом, это дает нам возможность проанализировать влияние этих параметров на складывание различных миколиновых кислот, что важно для понимания того, как они в конечном итоге взаимодействуют, складываются и ведут себя в бактериальных клеточных стенках и влияют на свойства клеточной стенки, которые обеспечивают защиту для бактерии туберкулеза.
Оставшаяся проблема для анализа данных Grid Мирового сообщества состоит в том, чтобы объединить огромное количество информации в важные ключевые характеристики, к которым мы стремимся, и ключевой вопрос: почему разные миколиновые кислоты играют такие разные биологические и иммунологические роли? Оставайтесь с нами, мы работаем над этим.
Планы на будущее
В планах на будущее - позволить нашим результатам «иссякнуть» через несколько месяцев. Это поможет нам организовать огромное количество симуляций, которые мы сейчас выполняем. Более конкретно, запустив результаты «всухую», мы сможем исследовать ход моделирования, исправить любые проблемы, создать эффективные резервные копии, а затем перезапустить моделирование заново. Повторный запуск «чистого» означает не только то, что мы исправим все возможные проблемы, но также означает, что все симуляции будут перезапущены одновременно, что гарантирует более эффективный мониторинг их прогресса. Кроме того, новые модели будут добавлены в рабочий процесс на основе информации, которую мы уже собрали.
Что касается командных новостей, Афина в последние недели пишет диссертацию и должна сосредоточиться на этих 100%, чтобы убедиться, что подача проходит гладко! Как только мы «иссякнем» и начнем «чистые» симуляции, наша команда немного изменится, поскольку Вилма уйдет в отставку. Инициировав проект, Вильма была рада видеть запуск проекта и добилась значительных успехов благодаря тяжелой работе команды Ноттингема и вашему вкладу. Вся команда чрезвычайно благодарна за вклад и талант Вильмы - без нее мы никогда бы не приступили к этому амбициозному проекту и не смогли бы его расширить. Она внесла неизмеримый вклад, и мы желаем ей всего наилучшего в ее будущих начинаниях - пусть они будут хотя бы столь же успешными.
Это были все наши новости на данный момент! Еще раз спасибо за ваш вклад!
https://www.worldcommunitygrid.org/r...t1/overview.do
https://www.worldcommunitygrid.org/a...?articleId=515
Хотите принять участие в борьбе с туберкулезом, тогда, Вам сюда:
https://boinc.berkeley.edu/wiki/Simple_view
https://boinc.berkeley.edu/download_all.php

[Nether15Lands]

Тормоза поборол, надо было поменять учётную запись пользователя виндовс, на новенькой всё так как до добавления оперативки стало, тоесть не совсем гладко но нормально. Надо будет ещё напряжение в розетке померить, думаю там не 220-240 а меньше, должно же быть логическое объяснение такого жора

[SETI_home_v8]

Цитата (Nether15Lands) »

Тормоза поборол, надо было поменять учётную запись пользователя виндовс, на новенькой всё так как до добавления оперативки стало, тоесть не совсем гладко но нормально. Надо будет ещё напряжение в розетке померить, думаю там не 220-240 а меньше, должно же быть логическое объяснение такого жора

Удачи... А вообще проекты которые работают с видеокартой тяжеловаты... и прожорливы в плане электроэнергии... но чтобы при этом пк так жестко тупил я такого не встречал... хотя кто знает...

[garniv]

Цитата (Nether15Lands) »

Надо будет ещё напряжение в розетке померить, думаю там не 220-240 а меньше, должно же быть логическое объяснение такого жора

А разве в твоем системнике не универсальный БП, работающий в диапазоне 110-250 В ?

[SETI_home_v8]

200 000 новых предсказанных белковых структур и подсчет: планы на будущее для проекта невосприимчивости к микробиомам
Автор: Томаш Косциолек, доктор философии
UC San Diego Центр микробиомных инноваций
23 июля 2019 г.
Резюме
Проект «Иммунитет к микробиомам» позволил спрогнозировать почти 200 000 уникальных белковых структур (пока), и проект вышел на международный уровень. Узнайте больше в этом видео обновлении.
https://youtu.be/0mOht1nahEg
(Текст ниже является транскрипцией видео.)
Уважаемые волонтеры сообщества World Grid,
По состоянию на июль 2019 года вы пожертвовали около 70000 лет процессорного времени для проекта «Иммунитет к микробиомам», который помог нам предсказать почти 200 000 уникальных белковых структур!
На данный момент — это больше, чем все экспериментально решенные белковые структуры на сегодняшний день!
Ваш щедрый вклад помогает нам разрабатывать новые методы и получать представление о микробных белках, их структурных и функциональных вселенных.
Мы постоянно совершенствуем наши методы благодаря данным, сгенерированным проектом, и учимся на них вносить коррективы в то, как и что мы прогнозируем в рамках проекта. Таким образом, это беспроигрышная ситуация: мы постоянно учимся и внедряем инновации, максимально эффективно используя вычислительные мощности, которые вы нам предоставляете.
Мы уже аннотируем белки с современной точностью и открываем новые структуры, которые выполняют эти функции. В конце мая мы встретились в Институте Флэтайрон в Нью-Йорке, чтобы завершить подготовку проекта публикации и изучить наши выводы на сегодняшний день. В скором времени мы поделимся своими результатами в научных публикациях и непосредственно с вами.
В конечном счете, мы приближаемся к решению главной цели этого проекта - иммунитета к микробиомам.
Есть еще одна вещь. В прошлом месяце я переехал в Малопольский центр биотехнологий в Кракове, Польша, чтобы занять здесь должность доцента. Что это значит для проекта и моего участия в нем? Это хорошая новость, потому что здесь я создаю группу, чтобы выполнять еще больше работы над этим проектом. Вскоре будет больше исследователей, которые будут усердно работать, чтобы наилучшим образом использовать бесценные данные, которые вы нам предоставляете!
Поэтому спасибо вам за участие в проекте и за то, что вы сделали возможным не только научное открытие, но и создание по-настоящему международной и совместной сети исследователей, которые увлечены и верят, что проект «Иммунитет к микробиомам» изменит наше понимание того, как работает микробиом, и приблизить нас к решению проблемы микробиомного иммунитета при диабете 1 типа и воспалительных заболеваниях кишечника.
Хотите принять участие в решении проблемы микробиомного иммунитета при диабете 1 типа и воспалительных заболеваниях кишечника тогда, Вам сюда:
https://boinc.berkeley.edu/wiki/Simple_view
https://boinc.berkeley.edu/download_all.php

[SETI_home_v8]

OpenZika близка к завершению работы над сетью мирового сообщества волонтеров
Community Grid за последние три года. Узнайте о следующих шагах для проекта в этом всеобъемлющем обновлении.
Завершение работы над сетью мирового сообщества
Недавно мы оценили работу, проделанную для проекта OpenZika, и пришли к выводу, что мы почти завершили то, что предложили, а именно провести виртуальный скрининг практически всех белков вируса Зика из самого большого набора данных доступных соединений (библиотека ZINC 15, содержащая приблизительно 30 миллионов соединений). Благодаря волонтерам, которые поддержали проект, у нас есть много, много результатов для оценки.
В течение следующих нескольких недель мы представим несколько дополнительных структур вируса Зика и полимеразы NS5 (РНК и активный сайт) и метилтрансферазы NS5 (сайт GTP), чтобы завершить наш проект. Когда группа разработчиков World Community Grid создает рабочие единицы для этих структур, это должно создать приблизительно 20 000 пакетов. Как только они будут завершены, мы полностью сосредоточимся на анализе данных.
Прогресс в выборе и тестировании соединений
Мы фактически провели скрининг коммерческой базы данных ChemBridge, содержащей более 1 миллиона соединений, против белков вируса Зика (ZIKV): оболочки, протеазы, геликазы, полимеразы и метилтрансферазы.
Мы также проверили базу данных ChemBridge на наличие протеазы денге и протеазы геликазы. После расчета стыковки на OpenZika мы пропустили соединения через фильтр свободной энергии и фильтр моделей машинного обучения ZIKV. Мы также провели медицинский осмотр на основе наиболее перспективных кандидатов.
Этот новый раунд соединений позволил нам выбрать 55 новых кандидатов на вирус Зика и 20 кандидатов на лихорадку денге (рис. 1). Соединения были приобретены и отправлены в Калифорнийский университет в Сан-Диего в лаборатории доктора Джейра Сикейра-Нето для экспериментальной оценки. Они проводят клеточные анализы в нервных стволовых клетках человека (hNSCs) с ZIKV. Мы также проведем ферментные анализы в геликазе и протеазе белков ZIKV NS3 вместе с нашими сотрудниками в Физическом институте Сан-Карлоса, Университет Сан-Паулу (Бразилия), в лаборатории доктора Глауциуса Оливы, чтобы подтвердить действия предполагаемых ферментативных кандидатов.

271/5000
(Рис. 1. Ход экспериментов по виртуальному скринингу, выполненных для оболочки ZIKV (E), протеазы NS2B-NS3, геликазы NS3, полимеразы NS5 и метилтрансферазы NS5, а также для протеазы NS2B-NS3 DENV и геликазы NS3, с использованием базы данных ChemBridge (~ 1 миллион соединений).)
Кроме того, мы выполнили виртуальный скрининг двух собственных наборов данных о натуральных продуктах и полусинтетических соединениях от двух сотрудников: доктора Ластера из Университета штата Северная Каролина (Университет штата Северная Каролина) и доктора Регасини из Университета штата Сан-Паулу (Университет США). Мы фактически провели скрининг соединений против протеаз ZIKV NS3 и белков геликазы и пропустили соединения через фильтр свободной энергии. После этого мы выполнили целевой прогнозный анализ перспективных хитов. Затем экстрагированные и выделенные соединения были протестированы с использованием анализов in vitro, клеточных анализов и ферментативных анализов, чтобы подтвердить исследование in silico (рис. 2).
(Рисунок 2. Ход экспериментов по виртуальному скринингу, выполненных для протеазы ZIKV NS2B-NS3 и геликазы NS3, с использованием баз данных housenatural и полусинтетических соединений.)
Состояние расчетов
В общей сложности мы предоставили почти 8,57 миллиарда рабочих мест для стыковки, в которых участвовало 427 различных целевых сайтов. На наших первых экранах использовалась более старая библиотека из 6 миллионов коммерчески доступных соединений, а в наших текущих экспериментах используется новая библиотека ZINC15 из 30,2 миллиона соединений.
К настоящему времени,> 80 000 добровольцев, которые пожертвовали свои запасные вычислительные мощности OpenZika, дали нам> 84 711 процессорных лет вычислений стыковки, в настоящее время в среднем 75,1 процессорных лет в день! Спасибо всем большое за вашу помощь !!
За исключением нескольких отставших, мы получили все результаты для наших экспериментов, которые включают стыковку 30,2 миллиона соединений против NS1, NS3 helicase (как сайта связывания РНК, так и сайта ATP), NS5 РНК-полимеразы (NTP и карман РНК), NS5 метилтрансфераза (сайт SAM), протеаза NS2B / NS3, капсид (карманы связывания 1 и 2) и белок оболочки.
Предстоящие публикации
Недавно мы опубликовали обзор под названием «Высокая пропускная способность и вычислительное перепрофилирование для забытых болезней» в журнале «Фармацевтические исследования». В этой статье описываются усилия по перепрофилированию многих лекарств, предпринимаемые в разных лабораториях по всему миру, чтобы попытаться найти способы лечения многих тропических заболеваний, включая инфекции Зика и денге.
Исследователи OpenZika Доктор Мелина Моттин, Доктор Рузвельт Сильва, Msc. Бруна Соуза и Пауло Рамос представили тезисы для рассмотрения для устной и / или постерной презентации на конференции 9thBrazMedChem2019, крупнейшей конференции по медицинской химии в Латинской Америке. Д-р Моттин и Бруна представят исследования, связанные с природными соединениями: «Открытие флавоноидов из нитроген птерогина с мощной активностью против протеазы и геликазы вируса Зика» и «Открытие новых кандидатов на вирус Зика: натуральные продукты из Angelica keiskei с активностью против NS2B- Протеаза NS3». Пауло представит работу «Интегративный анализ сходства, модели стыковки и машинного обучения для выявления новых хитов Zika NS5, управляемых ингибиторами денге NS5». Доктор Рузвельт представит исследование молекулярной динамики ZIKV NS1: «Динамическое поведение денге и Белок NS1 вирусов Zika раскрывает механизмы взаимодействия мономер-мономер и дает представление о рациональном дизайне лекарств».
Документы в стадии написания - будут представлены в ближайшее время:
Мы готовим следующие статьи о впечатляющих результатах проекта OpenZika:
В одной статье сообщается о результатах (виртуальных и экспериментальных) первого раунда соединений, отобранных против геликазы ZIKV NS3, которые продемонстрировали анти-ZIKV-активность в нервных стволовых клетках человека (hNSC)
В трех работах сообщалось о замечательных результатах виртуального скрининга и экспериментальной оценки натуральных продуктов (две из коллаборации Бразилии и одна из коллаборации NC State University), растений из Бразилии и традиционной китайской медицины, соответственно, которые представили анти-ZIKV активность, ингибирующую ZIKV протеины протеазы и / или геликазы
В одном документе сообщается о результатах для утвержденных лекарственных препаратов / соединений клинических коллекций, которые обладают противомалярийной и противоболевой активностью, которые представили анти-ZIKV-активности против белка геликазы ZIKV, кандидатов на повторное использование лекарственных средств.
В одной статье представлены результаты расчетов моделирования молекулярной динамики белка ZIKV NS1 и сведения о связывающих карманах и дизайне лекарств. Эта статья была представлена в Журнал биомолекулярной структуры и динамики под названием «Динамическое поведение вирусов Денге и Зика. Белок NS1 раскрывает механизмы взаимодействия мономер-мономер и дает представление о рациональном дизайне лекарств», и в настоящее время рассматривается для публикации.
Команда также совместно подготовила главу для книги по трипаносомным болезням, которая будет опубликована в журнале Burger's Medicinal Chemistry.
Эти документы будут вскоре представлены в научных журналах.
Прошлые публикации и пропаганда
20 июня 2018 года был опубликован основной обзор «Обнаружение наркотиков сегодня» «Обнаружение лекарств от А до Я». Это всеобъемлющий обзор недавних достижений в области обнаружения наркотиков ЗИКВ, в котором освещаются репозиционирование лекарств и соединения с компьютерным контролем, в том числе недавно обнаруженные вирусные. и ингибиторы клетки-хозяина. Также описываются и обсуждаются перспективные молекулярные мишени ZIKV, а также мишени, принадлежащие клетке-хозяину, как новые возможности для открытия лекарств ZIKV. Все эти знания важны не только для продвижения борьбы с вирусом Зика и другими флавивирусами, но также помогут научному сообществу подготовиться к следующей новой вирусной вспышке, на которую нам придется реагировать.
Наша статья «Вычисление лекарств для вируса Зика» была опубликована в специальном выпуске Бразильского журнала фармацевтических наук. В этой статье мы кратко излагаем текущие усилия по поиску вычислительных лекарств и их применение для обнаружения лекарств против ZIKV. Мы также представляем успешные примеры использования вычислительных подходов к открытию лекарств ZIKV, включая наш проект OpenZika.
Д-р Шон Экинс представил плакат «Клеточные симпозиумы: новые и вновь возникающие вирусы» 1-3 октября 2017 года в Арлингтоне, штат Вирджиния, США, под названием «OpenZika: открытие новых противовирусных кандидатов против вируса Зика».
20 октября 2016 года была опубликована наша статья о забытых тропических заболеваниях PLoS «OpenZika: проект всемирного сетевого сообщества IBM по ускорению обнаружения вируса Зика», и ее уже просмотрели более 5200 раз. Любой может получить доступ и прочитать эту статью бесплатно. Другой исследовательский документ «Иллюстрирование и моделирование гомологии белков вируса Зика» был опубликован в F1000Research и просмотрен> 4200 раз.
Мы также опубликовали еще одну исследовательскую работу под названием «Моделирование молекулярной динамики геликазы Zika Virus NS3: анализ активности сайтов связывания РНК» в специальном выпуске по флавивирусам для журнала Biochemical and Biophysical Research Communications. Это исследование системы геликазы NS3 помогло нам узнать больше об этой многообещающей цели для блокирования репликации Zika. Результаты помогут нам понять, как мы анализируем виртуальные экраны, которые мы выполняли на геликазе NS3, и моделирование молекулярной динамики создало новые конформации этой системы, которые мы использовали в качестве мишеней на новых виртуальных экранах, которые мы выполняли в рамках OpenZika.
Результаты проекта OpenZika были представлены на 256-м Национальном собрании ACS 19-23 августа 2018 года в Бостоне, штат Массачусетс, США. Доктор Моттин выступил с устной презентацией и представил плакат под названием «OpenZika: открытие новых противовирусных кандидатов против вируса Зика»; в сессии «Хемоинформатические подходы для улучшения обнаружения лекарств на основе натуральных продуктов».
Д-р Моттин также выступил с устной презентацией «Применение молекулярной динамики к обнаружению лекарств для вируса Зика и Schistosoma mansoni» на встрече по инициативе Южной Америки по сотрудничеству в области молекулярного моделирования (SAIMS), которая состоялась в Институте Пастера, Монтевидео, Уругвай, 4 ноября. 7, 2018. Встреча была отличной возможностью для обмена опытом и сотрудничества с южноамериканскими исследователями, которые работают с Zika.
Информация о БразМедХим
Главный исследователь OpenZika, профессор Каролина Орта Андраде, также директор Отдела медицинской химии Бразильского химического общества (SBQ), организует крупнейшую конференцию по лекарственной химии и открытиям лекарств в Латинской Америке, 9thBrazMedChem2019, которая состоится 1 сентября -4, 2019, в Пиренополисе, Гояс, Бразилия.
Основная тема конференции этого года - «Преодоление разрыва между академической и фармацевтической промышленностью в продвижении открытия лекарств». Оргкомитет и научные комитеты работают над тем, чтобы сохранить выдающееся качество прошлых изданий, пытаясь обеспечить эффективное вовлечение и участие научного сообщества в современной структуре, которая объединяет научные и социальные мероприятия высокого уровня для объединения участников.
Мы рассчитываем принять около 500 человек, в основном аспирантов, исследователей и профессоров, работающих в области медицинской химии из Бразилии и стран Латинской Америки, в интерактивной и совместной атмосфере для обмена опытом и информацией для решения задач медицинской химии 21 век.
Более того, доктор Шон Экинс, коллега по проекту OpenZika, едет в компанию 9thBrazMedChem, чтобы рассказать о нашей работе над OpenZika, а также о работе над болезнью Шагаса и открытием лекарств от Эболы, которая представляет собой лишь некоторые из забытых болезни, с которыми он связан.
Новые члены команды проекта
Пауло Рамос - новый студент, который присоединился к лаборатории профессора Андраде в январе 2019 года. В своей проектной работе он впервые искал ингибиторы NS5 вируса денге в базах данных PubChem и ChEMBL. Он также выполнил интегративный анализ сходства белков денге и Zika NS5, закрепление известных ингибиторов DENV на сайтах Zika NS5 и модели машинного обучения (ML) для определения приоритетов лучших результатов. Он обнаружил 156 соединений, о которых сообщалось, что они являются ингибиторами денге NS5, которые были закреплены на сайтах Zika NS5 и оценены моделями ML. Двадцать два соединения были отобраны как демонстрирующие наилучшие результаты. Затем он выполнил аналогичный поиск с попаданиями в коммерческую базу данных (электронные молекулы) и проверил похожие соединения с помощью стыковочных и ML-фильтров. 67 виртуальных хитов для Zika NS5 будут проверены с помощью клеточных тестов Zika.
(Команда OpenZika LabMol: Мелина, Каролина, Бруна и Пауло в лаборатории в Федеральном университете Гояс, Бразилия (весна 2019 г.))
(Сотрудничество Pharmeceuticals (слева направо): Шон Экинс, Дэниел Фоил, Кимберли Цорн, Ана Пухл Рубио, Дженнифер Кляйн, Мэгги Хапси, Томас Лейн, Андреа Барри (бизнес-консультант))
В лаборатории д-ра Экинса Ким и Дэниел (см. выше) участвовали в оценке соединений для проектов OpenZika с нашими моделями машинного обучения, разработанными для разных наборов данных. Сотрудничество Фармацевтические препараты продолжают бороться с забытыми болезнями, сотрудничая с учеными всего мира. Если вы заинтересованы в сотрудничестве с нами, пожалуйста, свяжитесь с sean@collaborationspharma.com.
Мы невероятно благодарны всем волонтерам, которые тратят свое неиспользованное компьютерное время на этот проект! Большое спасибо!!
https://link.springer.com/article/10...095-018-2558-3
https://brazmedchem.org/
https://doi.org/10.1016/j.drudis.2018.06.014
http://www.scielo.br/pdf/bjps/v54nsp...spe-e01002.pdf
http://www.cell-symposia.com/emerging-viruses-2017/
http://journals.plos.org/plosntds/ar...l.pntd.0005023
https://f1000research.com/articles/5-275/v1
http://www.sciencedirect.com/science...34X?via%3Dihub
http://www.acs.org/bostoninfo
Open-Zika-Fig-1-copy.jpg

Open-Zika-Fig-2.jpg

Open-Zika-Pic-1.jpg

Open-Zika-Pic-2.jpg

[SETI_home_v8]

Конкурс Стокгольмской школы науки и инноваций посвящен 25 годам компьютерного времени для исследований рака и микробиомов
15 августа 2019 г.
Резюме
Школьная средняя школа в Швеции решила поддержать картографирование маркеров рака и проект по иммунитету к микробиомам во время месячного конкурса между пятью командами World Community Grid. Вот что они узнали во время процесса.
(Студенты SSIS обсуждают результаты командного конкурса World Community Grid, который поддержал картирование маркеров рака и проект по иммунитету к микробиомам.)
Пять команд, 25 лет вычислительного времени и 45 945 результатов, возвращенных за один месяц, привели не только к большой поддержке двух проектов World Community Grid, но и к большому обучению студентов в Стокгольмской школе науки и инноваций в Швеции (SSIS),
https://stockholmscienceandinnovatio...6soeQrGuTolmA#
Школа, являющаяся партнером IBM Sweden, в течение нескольких лет поддерживала World Community Grid, в том числе проводила товарищеское соревнование со школой в США в 2017 году. Этой весной SSIS решила провести соревнование между пятью командами (четыре студенческие команды и одна команда преподавателей), чтобы узнать, какое из них может принести больше компьютерного времени за один месяц. Чтобы максимизировать свои усилия, студенты решили сосредоточить свои усилия на одном или двух проектах, в конечном итоге решив поддержать картирование онкологических маркеров и проект по устойчивости к микробиомам.
Перед началом конкурса студенты установили программу Boinc на 25 компьютеров, на которых в течение всего месяца работала система World Community Grid. (Теперь, когда конкурс окончен, компьютеры продолжат использовать World Community Grid, а также будут использоваться для класса сертификации Cisco.) Студенты также узнали об установке программного обеспечения и о том, как настроить параметры своего компьютера для запуска World Community Grid в рамках проект. https://www.worldcommunitygrid.org/r...m1/overview.do
После того, как соревнование было запущено, все следили за прогрессом команд с помощью табло команды, созданного студентом, которое интегрировало API World Community Grid и транслировалось на больших экранах по всей школе.
https://www.worldcommunitygrid.org/r...p1/overview.do
Студенты в SSIS уже обязаны использовать World Community Grid на своих ноутбуках как часть обязательства учреждения по социальной ответственности, но они могут контролировать, какие проекты поддерживать и сколько сил выделять программе.
В постконкурсном опросе большинство студентов заявили, что им понравилось соревнование и они хотели бы сделать что-то подобное в будущем. Их разочарования были связаны с процессом установки и выяснением того, как максимизировать их вклад в World Community Grid, не влияя на производительность их компьютеров.
И совет SSIS для других школ, которые рассматривают подобные проекты?
Убедитесь, что учащиеся знают, как настроить параметры своего компьютера заранее.
Подумайте о типе соревнования, которое лучше всего подойдет для вашей школы и студенческой культуры.
Если ответственное использование технологий и социальная ответственность являются важной частью вашей школы, рассмотрите возможность включения участия World Community Grid в вашу учебную программу.
Благодарим студентов, преподавателей и администраторов SSIS, которые участвовали в этом конкурсе, а также IBM Sweden за их поддержку!
Хотите принять участие и поддержать картографирование маркеров рака и проект по иммунитету к микробиомам, тогда, Вам сюда:
https://boinc.berkeley.edu/wiki/Simple_view
https://boinc.berkeley.edu/download_all.php

SSIS-Discussion.jpg

[SETI_home_v8]

ОБЪЯВЛЕН ПОБЕДИТЕЛЬ ПРЕМИИ КАРЛА САГАНА ПО НАУЧНОЙ ПОПУЛЯРИЗАЦИИ
САН-ФРАНЦИСКО - Wonderfest, 22-летний Научный маяк залива, объявил сегодня, что астроном Дэн Вертхимер получил премию Карла Сагана за популяризацию науки в 2019 году. Саганская премия Wonderfest присуждается специально для признания и поощрения исследователей, которые «имеют и внесли большой вклад в общественное понимание и оценку науки». Прошлые лауреаты Саганской премии включают биохимика Калифорнийского университета в Беркли Дженнифер Дудна, невролога из Стэнфорда Роберта Сапольского и Лауреата Нобеля Пол Берг. Приз включает денежную награду в размере 5000 долларов США и будет официально вручен на официальном мероприятии в Сан-Франциско 9 ноября, в день рождения Карла Сагана.
«Wonderfest родился в 1997 году, всего через несколько месяцев после смерти исследователя и популяризатора Карла Сагана», - отмечает исполнительный директор организации Такер Хайатт.
«Работа Wonderfest была посвящена памяти Карла Сагана, С тех пор Саган был бы горд узнать, что Дэн Вертхимер, так много достиг в области астрономических исследований и пропаганды, получив Саганскую премию Wonderfest за 2019 год».
Wonderfest является некоммерческой корпорацией, занимающейся неформальным научным образованием и популяризацией, особенно среди взрослых людей в районе залива Сан-Франциско. Несколько раз в месяц, Wonderfest производит личные научные мероприятия - с сопровождающими онлайн-видео - в целях «расширения концепция научного сообщества». Wonderfest также проводит семинары «Посланник науки» для разработки навыков научной коммуникации аспирантов Bay Area.
Werthimer - председатель и главный научный сотрудник исследовательской группы Berkeley SETI по исследованиям Мэрилин и Уотсон Альбертс.
Центр (BSRC). BSRC проводит эксперименты по поиску электромагнитных подписей гипотетических разумных внеземных цивилизаций. Филиал в Калифорнийском университете в Беркли, BSRC может быть самым известным за его компьютерное программное обеспечение добровольцев SETI @ home и за его 10-летний опыт работы в этой области и использовании всего 100 миллионов долларов
Проект Breaththrough Listen.
Werthimer получил степень бакалавра в Университете штата Сан-Франциско и работал в аспирантуре в Калифорнийском университете Беркли. Он стал доцентом на инженерном и физическом факультетах в SF.
Штат и приглашенный профессор в университетах Китая, Франции и Венгрии.
Как соучредитель и главный исследователь SETI @ home, Werthimer помог вдохновить восемь миллионов волонтеров в 226 странах для участия в поисках внеземного интеллекта (SETI). Werthimer дал более 500 публичных выступлений на протяжении 40 лет, и показан в около 100 телевизионных документальных фильмов, и дал показания Комитету Конгресса США по науке, космосу и технологиям. У него также разработаны совместно с Залом науки Лоуренса программы для учебной программы о жизни во вселенной и SETI, этим пользуются около миллиона учащихся начальной и средней школы.
Получив известие, что он лауреат Саганской премии 2019 года, Вертхимер ответил: «Я невероятно
довольный и благодарный. Вдохновляющие книги Карла Сагана оказали огромное влияние на мою молодость, привели меня в SETI, астрономию и естественнонаучное образование.
Дополнительная информация: https://wonderfest.org/sagan-prize
https://seti.berkeley.edu
Контактное лицо:
Такер Хайатт Исполнительный директор, Wonderfest
Электронная почта: tucker@wonderfest.org
Тел: 415-577-1126
Dan-Werthimer-wonderfest-sagan-prize.jpg

[SETI_home_v8]

О перспективах SETI. Что ожидать от ET.
Это поиск одного из самых значительных открытий в истории людей или глупое увлечение? Каковы шансы, что мы когда-либо свяжемся с ET? Каково будет его влияние: удивительные достижения в науке или незначительные достижения в знаниях; рецепт спасения нашей планеты или предвестник нашего уничтожения? Вопросы, которые вращаются вокруг мира SETI, велики по своему охвату. Хотя инвестиции в поиск незначительны по сравнению с общим объемом академических наук, не говоря уже о национальных бюджетах, они серьезны и требуют постоянных усилий. Вероятность успеха может быть весьма мала, но, если мы никогда не будем искать или покупать этот билет LOTTO, шансы будут даже ближе к нулю. Хотя, возможно, ET может показать себя без нашего поиска (или уже сделал, по мнению некоторых, правдивость которых вы можете оценить для себя).
Мы обсуждали эти шансы в предыдущем эссе из этой серии (Пересмотренное уравнение Дрейка). Никто не знает количество цивилизаций в нашей галактике, которые могут отправить нам информацию. Рациональные ученые и непрофессионалы могут предполагать ответ в диапазоне от одной (мы одни) до миллионов среди 300 миллиардов звезд и сравнимого числа планет в нашей галактике Млечный Путь. Из переменных, включенных в оценку, наибольшая неопределенность, по-видимому, связана с вероятностью возникновения технологических цивилизаций на планете с гостеприимной температурой и продолжительностью жизни таких цивилизаций. (SETI выбирает стандартное определение «технологический» для обозначения сущностей, которые посылают радио- или оптические сигналы, которые мы можем обнаружить, или которые просто появляются здесь лично или через свои артефакты или машины. Извините, умные дельфины не в счет.), Кроме того, в видимой вселенной есть еще миллиарды галактик, и невидимая вселенная может быть бесконечной по своему охвату. Но что мы ожидаем, если и когда контакт произойдет? Единственное безопасное предположение состоит в том, что ответ не будет безупречным.
Размышления о последствиях контакта варьируются от утопических до катастрофических. Как красочно выразился Майкл Мишо, «контакт может привести к Небесному Вудстоку или Армагеддону». Возможно, минимальное состояние успеха SETI - это радио или оптический сигнал, который однозначно исходит от ET. Достаточно серии простых чисел, как в книге и фильме «Контакт». Многие из нас были бы рады узнать, что мы не одиноки в космосе. Что касается меня, я также хотел бы знать, могла ли биология возникать в другом месте, и как она находила альтернативные решения для создания жизни из неживой химии. Какими другими способами собранные молекулы использовали энергию для создания структур, роста, поиска средств для производства потомства и развития в бесчисленные виды? Для этого найти микробную жизнь на Марсе или подо льдом некоторых лун Юпитера или Сатурна можно. Но если мы ожидаем большего от «я» SETI, за вызовом «здесь мы есть» последует сообщение, которое мы можем декодировать. Некоторые из пионеров SETI даже надеются, что эти сообщения не только продвинут нашу науку, но и решат проблемы человечества. В связи с этим астроном Геррит Вершуур назвал SETI «технологическим поиском бога».

Обо всем по порядку. Возможный контакт потребует проверки, что может повлечь за собой наблюдения со стороны нескольких устройств обнаружения и необходимость ожидания последующих сигналов. Мы не хотим быть одураченными природным явлением, ошибочным сигналом, полученным с Земли, или обманом (подумайте, человек из Пилтдауна). Участники SETI @ home хорошо знают о проблемах, связанных с просеиванием стога сена для выявления возможной иглы. Затем возникает непростая задача расшифровки сообщения от цивилизации, которая может быть на миллионы лет более продвинутой, чем мы. Будем надеяться, что они достаточно умны, чтобы понять, как разговаривать с более простыми формами жизни и позволить Землянам понять Галактическую Энциклопедию. Когда пионера SETI Фрэнка Дрейка спросили, как мы можем расшифровать сообщение, если оно неочевидно, он ответил: «Я бы посмотрел их телевизор». Я предполагаю, что это означало в более широком смысле подслушивать как можно большую часть их внутреннего общения. насколько это возможно. Альтернативная стратегия состоит в том, чтобы искать мистическую помощь, чтобы расшифровать надпись на «табличках». Это было опробовано ранее в истории человечества. Далее, также существует проблема с верой в декодер (ы) сообщения. Ожидание, что один неопровержимый источник переведет сообщение SETI, чтобы все поверили, бросает вызов истории человечества. Ни один пророк еще не убедил всех в своей религии или системе правления. (Во всем мире даже не признается, что Земля круглая, что положение планет не может влиять на вашу повседневную жизнь, или что ВВС США не спрятали инопланетян в секретном месте в пустыне.) Ссора, глубина сообщения от инопланетян, вероятно, подстегнет множество новых религий, в то же время бросая вызов доктринам существующих. Вероятно, наименее вероятным результатом является то, что контакт может храниться в секрете. (Особенно, если начальные детекторы являются астрономами, а не Агентством национальной безопасности).
Там, несомненно, будут дебаты о том, чтобы ответить на их сигнал. Принимая во внимание межзвездные расстояния и ограничение скорости света, двусторонний разговор может занять несколько жизней, если ET не будет находиться рядом с нашей ближайшей звездой (на расстоянии 4,3 световых года) или не будет скрываться поблизости, ожидая, когда мы вырастем и заговорим. Должны ли мы намеренно участвовать в диалоге, и кто будет писать сценарий? И почему мы должны даже ожидать, что не будет большого количества людей, которые будут излучать ответы, которые охватят весь спектр вопросов от разговора о нашем научном понимании до призыва к обращению к единой истинной религии или даже объявления войны. Конечно, Земля уже давно испускает утечку радио и видимых сигналов, но они намного слабее, чем то, что можно было бы излучать от радиотелескопов или мощных лазеров. Некоторые думают, что мы должны стараться хранить молчание и быть скрытыми, чтобы не получить гневный ответ. Несколько попыток лучевых сигналов от Земли в направлении звезд уже произошли, но это «активный SETI» стратегия является спорной. Это вызывает рассмотрение аналогии с темным лесом. В одиночку и, возможно, затерянный в пугающем лесу, вы бы звали на помощь или тихо воздерживались от рекламы своего присутствия? Намерение пришельцев так же спекулятивно, как и их внешний вид. (Внешность инопланетянина - тема, заслуживающая другой статьи. Мы видели изученные предсказания, которые варьируются от гуманоида до интеллектуальных облаков, до HAL компьютера и его родственников.) Эти сценарии и многое другое были исследованы во многих вдумчивых работах научной фантастики.
Какова ваша надежда и мотивация для интереса к SETI? Лично я желаю сигнала «Вы не одиноки», а также возможности увидеть, как работал независимый источник жизни. Было бы неплохо получить новый («Новый Завет») вместе с еще несколькими миллионами лет научных знаний. Я рассчитываю на огромное пространство, чтобы минимизировать риск того, что флоты инопланетных захватчиков преодолеют триллионы миль, чтобы уничтожить нас. Но это только мое мнение, и оно основано на большей спекуляции, чем на данных.
Примечание 1: для инклюзивного и научного трактата по этим вопросам я рекомендую книгу Майкла Мишо «Контакт с инопланетными цивилизациями». Я прошу прощения, если я перефразировал некоторые из превосходного текста этого автора.
Примечание 2: Обновление быстрых радиопередач: на момент первоначальной записи на эту тему в этих Перспективах (https://setiathome.berkeley.edu/foru...84024#2006049), только один из десятков быстрых радиопередач обнаруженный радиотелескопами был нанесен на карту достаточно точно, чтобы идентифицировать его источник в видимой галактике. Локализации способствовала повторяющаяся природа его всплесков. Большинство FRB не повторяются, но отчеты за этот месяц доводят число ретрансляторов до 11. Теперь две группы сообщают, что чувствительная интерферометрия с помощью массивов радиотелескопов определила точное местоположение одиночных вспышек, которые были совместно локализованы в галактиках, видимых в оптических телескопах. Точные локализации и последующие определения расстояния до излучающих галактик по красному смещению проливают свет на происхождение FRB и их потенциал для исследования межгалактической среды. Выделенные поиски могут добавить тысячи обнаружений в ближайшие несколько лет. Пока что все эти чрезвычайно мощные события происходят в далеких галактиках. Если это произойдет в нашем доме, Галактика «Млечный путь», вы можете услышать это на своем мобильном телефоне или компьютере участвуя в распределенных вычислениях в программе Boinc…

[SETI_home_v8]

Сравнение Ryzen 5 3600X с другими процессорами в Asteroids@Home! Программа Boinc
Чуть более 2 лет назад в группе публиковалось сравнение Ryzen 5 1500X с другими процессорами на основе результатов в проекте the SkyNet POGS - [https://vk.com/wall-34590225_155], а теперь пришло время обзора нового поколения - Ryzen 5 3600X! Того, самого, что стоит в 4-м узле командного кластера.
Конфигурация:
- CPU - AMD Ryzen 5 3600X, 6 ядер и 12 потоков (SMT — включена!)
- Плата - ASUS PRIME B450M-A
- RAM - 2 x 8 GB DDR4 2666MHz Samsung
- Кулер - DEEPCOOL GAMMAXX C40
- Блок питания - HIPRO (HIPO DIGI) HPE450W, 450Вт, 120мм
- Видеокарта - MSI nVidia GeForce GT 710, GT 710 1GD3H LP
-SSD - WD Green WDS120G2G0B 120Гб, M.2 2280
Отмечу, что в данном случае, каких-либо дополнительных настроек не делалось (это - потом), а все настройки были выставлены по умолчанию.
Для сравнения выбирались подряд результаты из проекта Asteroids@Home (к нему узел уже подключен и набралась немалая статистика). Для каждого результата (прошедшего проверку, конечно, так как нужен результат компьютера - "напарника") записывались:
- Номер workunit-а
- CPU Time Ryzen-а
- CPU Time процессора-напарника
- Тип приложения на Ryzen (AVX, SSE3, SSE2)
- Тип приложения у напарника (AVX, SSE3, SSE2)
- Число потоков у процессора-напарника
- Модель процессора - напарника.
Так как распространёность процессоров - разная, то при просмотре результатов те, что были обработаны процессорами, уже попавшими в список с точно таким же приложением и с примерно таким же результатом - отбрасывались, чтобы найти те процессоры, которых в списке нет. В итоге в списке оказались данные из 102 workunit-ов, которые, затем превратились в столбики на диаграммах.
После того, как даные были записаны, были вычислены два показателя: 1) соотношение времени, затраченного процессорами на выполнение заданий из, workunit-а; 2) произведение этого отношения на обратное отношение числа потоков - в процессоре-напарнике и в Ryzen 5 3600X. То есть: T(ryzen)/T(partner)*Threads(partner)/Threads(Ryzen). Например, если у какого-процессора время выполнения было бы в 1.5 раза больше, но зато было бы больше и число потоков - в 2 раза, то в итоге получался бы коэффициент 1.33, показывающий, что за счёт большего числа ядер «валовая» производительность этого процессора больше в 1.33 раза.
А именно "валовая" производительность CPU и интересна нам и как участникам распределённых вычислений и, быть может, окажется полезна и тем, кто связан с iT-сектором. Именно этот показатель и оказался на диаграммах, как самый важный.
Но прежде чем переходить к диаграммам, надо отметить следующее:
1. Время обработки заданий в Asteroids@Home — сильно различается. Из-за этого нельзя записать времена выполнения разных заданий и свести их в одну таблицу. Нужно брать каждый workunit, смотреть время выполнения задания «нашим» и «чужим» компьютером и определять относительную скорость вычислений, а уже потом, из этих отношений строить рейтинг вида «А быстрее нас в 2 раза, B — медленее в 1.5 раза» и т.д.
2. Прежде всего это просто данные. В них упоминаются очень разные процессоры и из одних результатов можно сделать выводы в одном разрезе, но нельзя в каком-то другом и - наоборот. Например, если из сравнения с относительно недавно вышедшими процессорами можно делать какие-то выводы о том, что лучше было бы выбрать для нового компьютера, то в этом же разрезе сравнение с процессорами 6-7 летней давности - совершенно бессмысленно. Зато оно может дать дополнительную информацию о том, что стоит ожидать от недорогих виртуальных маших облачных провайдеров, или что будет получено в результате, upgrade-а;
3. В результатах есть только информация о времени выполнения, модели процессора и числе потоков, которые были опознаны BOINC. Но ничего не говорится, например, о том, а сколько же потоков нагружались. В одном из случаев, возможно, это оказало влияние на итоговый результат — в частности, один из процессоров для ноутбуков - Intel Core i5-8250U показал очень хорошую однопоточную производительность (при номинальной частоте всего в 1.6 ГГц!) и за счёт 8 потоков, при вычислении коэффициента, "взлетел" аж выше Core i7-6700K. Не исключено, что на самом деле у этого процессора были нагружены не все ядра, Turbo Bust автоматически разгонял только те, что были нагружены, до больших частот, из-за чего полученный результат не может быть корректно, простым умножением «смасштабирован» на производительность всего процессора;
4. Большая часть серверных процессоров стоит в 2-процессорных системах, из-за чего число потоков, отображаемых в свойствах компьютера-напарника, конечно же, в 2 раза больше чем у одного CPU. Теоретически, однако, возможна ситуация, при которой в машине будет стоять 2 CPU, но с отключенным Hyper-Threading-ом из-за чего производительность каждого потока будет выше, но сама машина может быть воспринята как машина с одним CPU, но с включённым Hyper-Threading, удваивающим видимое число потоков. По факту, все серверные платформы однозначно трактовались как машины с 2 процессорами и включённым HT, так как в ином случае взять такое число потоков было бы просто негде. Для результатов от машин с такими процессорами, в справочнике, Intel-а находилась спецификация, с которой я сверялся дополнительно, чтобы учитывать число потоков именно одного CPU, а не двупроцессорной системы;
5. Как вы уже поняли, в Asteroids@Home есть приложения для разных наборов инструкций — SSE2, SSE3 и AVX. При этом, очень часто, на компьютер с Ryzen приходило приложение одного типа, а на компьютер-напарник — другого. Причём на компьютеры с одними и теми же моделями CPU могли приходить задания для разных приложений. И это влияло на производительность. В workunit-е где у одного компьютера было AVX-приложение, а у напарника — SSE3, соотношение времени выполнения было одно, а в другом workunit-е — где уже были AVX vs AVX —другое. Из-за этого. Из-за этого все результаты были побиты на группы по типам приложений — AVX vs AVX; AVX vs SSE3 и т.д.
6. В большинстве случаев «разнобоя» в результатах не было. Если один компьютер с процессором C1 был в 1.2 (к примеру) раза медленее, чем «наш Ryzen», то и другие компьютеры — не сильно отличались. Но иногда отличия были заметными. Поэтому вместо того, чтобы высчитывать среднии показатели и группировать данные, было сделано обратное — каждый результат попал на соответствующую диаграму своим столбиком.
7. На каждую диаграмму был добавлен «технический столбик» красного цвета, соответствующий единице измерения — поизводительности «нашего Ryzen».
А теперь - к результатм! Сначала — к самому интересном — AVX vs AVX — именно здесь собрано больше всего более-менее новых CPU, есть представители последних четырёх поколений Xeon-ов (пусть и мало, но всё равно интересно) а также «ранние» Ryzen-ы:
Что хотелось бы отметить:
1) по «валовой» производительности Ryzen 5 3600X обходит и 8-ядерный Ryzen 7 2700X и процессоры линейки Intel Core i7 недавних поколений. Причём иногда до 2 раз и больше;
2) что интересно, самым сильным конкурентом оказался 6-ядерный Core i5-8400, а не Core i7 более старших поколений, но с 4 ядрами и Hyper-Threading! К сожалению, в обследованной выборке не было результатов от Core i7-8700[K] с AVX-приложением;
3) Выше самого 6-ядерного Ryzen (т.е. «нашего» 3600X) расположились только мощные даже среди своих поколений(!) серверные процессоры с очень большим числом ядер:
- Xeon E5-2650 v4 — 12 ядер, 24 потока;
- Xeon Gold 6132 — 14 ядер, 28 потоков;
- Xeon Gold 6154 — 18 ядер, 36 потоков;
— Xeon E5-2698v4 — 20 ядер, 40 потоков.
Причём только(!) последний из них — E5-2698v4 смог по валовой(!) производительности — то есть производительности всех(!) ядер, обогнать «наш Ryzen» немногим более, чем в 2 раза. А что будет после выхода 3950X и ещё n доработок микрокода?
Но в переди ещё несколько диаграмм! Следующая AVX vs SSE3 — где к результату AVX-приложения «нашего Ryzen» напарником было результат от приложения под набор инструкций SSE3:
К сожалению, только здесь и появляется AMD Threadripper, но даже в 16-ядерной модификации и на менее продвинутом приложении он показывает свою мощь. Только здесь, к сожалению, появляется и Intel Core i7-8700K... и несмотря на 12 потоков, проигрывает почти в 2 раза. Следующий очень интересный и редкий экземпляр — Xeon Phi!
Переходим дальше! AVX vs SSE2:
Очень интересно было увидеть Xeon-ы времён Westmere, Nehalem и Sandy Bridge, а также их одногодков по десктопам. А ведь в кое-каких вычислительных системах - они работают и до сих пор!
Следующая диаграмма — SSE2 vs AVX! Вот здесь уже у Ryzen не такое подвинутое приложение, но:
… несмотря на это, он проигрывает только другому, 8-ядерному Ryzen, ноболее старшему. Все остальные далеко. Стоит обратить внимание на группу процессоров с окончанием «U» — это процессоры в ноутбуках.
Идём дальше! SSE2 vs SSE3:
Всё примерно тоже самое. Интересно увидеть Core i7-5820K. С одной стороны - он сильно позади, а с другой —неплохо для процессора 2014 года!
Ну и последняя диаграмма — SSE2 vs SSE2:
Итог: наверное, всё-таки хорошо, что в 4-й узел взяли именно 3600X! И, самое время подключать его к другим проектам!
Хотите принять участие в гражданской науке, тогда, Вам сюда:
https://boinc.berkeley.edu/wiki/Simple_view
https://boinc.berkeley.edu/download_all.php
5gSvKbzto6k.jpg

9DNk8RDtF2k.jpg

ifEBXtUVtzk.jpg

Ld7bFXQmOm0.jpg

MRpen9Vpu8k.jpg