[Ubuntu] нативный LinSMP

[[kane]Enforce]

Небольшой FAQ "от чайника для чайников"

Все опыты проводились на CD дистрибутиве Ubuntu 10.04.2 LTS x64

Некоторые аспекты:

1. При установке я выбрал англ версию ОС, т.к. с русской версией, а точнее с русскими названиями папок, в дальнейшем могут возникнуть проблемы в терминале + в том же терминале тратится лишнее время на переключение раскладок при наборе команды.


2. Устанавливать ОС желательно на отдельный HDD, у меня для этих целей прекрасно подошёл старенький макстор на 20 гигабайт. Раздел на диске должен быть один.
2.1. Во время установки ОС необходимо в качестве файловой системы выбрать ext3 вместо ext4. Для этого выбираем "Указать разделы вручную".
2.2. Удаляем все имеющиеся разделы, затем создаём новую таблицу разделов (New Partition Table). У нас появится один раздел "Свободное место". Выделяем его и жмём "Добавить" (Add). Всё свободное место на HDD будет разделено на две части: первая - под ОС, она равна ёмкость HDD минус 2 гига; вторая - своп.
2.3. Итак, создаём первый раздел равный полной ёмкости жёсткого диска минус 2 гига. В опциях раздела выбираем "Ext3 journaling file system", выбираем "Монтировать" (mount point) в корне "/". Жмём "Ок".
2.4. На оставшемся свободном месте (должно быть около 2 гигов) делаем ещё один раздел, в свойствах которого выбираем "Использовать как своп" ("Use as: swap area").
В итоге должно получиться что то типа

скрин не мой, взят для убунту 10.10 в виртуальной машине.


3. После установки обязательно обновление системы:
3.1. Панель сверху рабочего стола (своего рода таскбар виндовый) System > Administration > Apdate Manager
3.2. Открываем терминал Applications> Accessories> Terminal (для удобства значок терминала можно перетащить на "таскбар", получится своего рода ярлык). В терминале выполняем команду

sudo apt-get install build-essential

4. У меня после установки убунты не хватало драйверов для видюхи, поэтому вместо должного разрешения 1680х1050 максимально доступное было 1280х1024. Для устранения этой проблемы ставим драйверы. У меня GeForce GTX460, поэтому пример именно для карт nVidia.
4.1. Здесь выбираем нужные нам драйвера и скачиваем их на рабочий стол.
4.2. Выполняем

sudo apt-get purge nvidia-*

4.3. На рабочем столе через контектстное меню создаём файл Create Document> Empty File с именем "nvidia-graphics-drivers.conf" и содержанием

blacklist vga16fb
blacklist nouveau
blacklist lbm-nouveau
blacklist nvidia-173
blacklist nvidia-96
blacklist nvidia-current
blacklist nvidiafb

4.4. Выполняем

cd ~/Desktop
sudo mv nvidia-graphics-drivers.conf /etc/modprobe.d/

4.5. Создаём ещё один файл Desktop > Rightclick> Create Document> Empty File с именем "xorg.conf" и содержанием

Section "Device"
Identifier "Device0"
Driver "nvidia"
VendorName "NVIDIA Corporation"
EndSection

4.6. Выполняем

cd ~/Desktop/
sudo mv xorg.conf /etc/X11/

4.7. Перезагружаемся. После ребута выдаст какое то уведомление, выбираем Low Graphics option (самая верхняя строчка должна быть).
4.8. Теперь очень поможет второй комп или ноутбук, если таковых нет, то на листке бумаги записываем команды

sudo sh ~/Desktop/NVIDIA*.run

и

sudo service gdm start

Эти команды будут нужны дальше, и подсмотреть их будет негде кроме листа бумаги или на втором компе. Как вариант распечатать этот мануал из винды.
4.9. Выполняем

sudo service gdm stop

Появится чёрный пустой экран и текстовый ввод. Вводим своё имя пользователя и пароль от ОС. Далее по записанной на листке бумаги команде ставим драйвера

sudo sh ~/Desktop/NVIDIA*.run

В процессе нужно будет нажать "Accept", потом прочитать соглашение нажать "Ok". Когда спросят про OpenGL ответить "No". И в конце со всем соглашаться.
Теперь по второй записанной команде снова логинимся

sudo service gdm start

5. Без Wine (позволяет запускать в линуксе виндовые программы) никуда. Ставим

sudo apt-get install wine

5.1. Настраиваем Applications> Wine> Configure Wine. Нужно убедиться что во вкладке Applications, внизу в "Windows version" выбрано "Windows XP".


6. Русские числовые стандарты и русская раскладка клавиатуры будет не лишней. Ставим System > Administration > Language Support > Install/Remove Languages... выбираем и ставим родной язык. Нажимаем кнопочку "Apply System-Wide...". Можно ещё и менюшки сделать на русском, но я оставил английские.
6.1. Далее идём System > Preferences > Keyboard > Layouts > Add... находим русскую раскладку и ставим её. Тут же кнопка "Options", жирным выделен пункт "Key(s) to change layout", тут выбираем удобное сочетание клавиш для переключения раскладки. Мне уже привычно виндовое Alt+Shift.

Установка LinSMP клиента:

Открываем терминал (Applications > Accessories > Terminal или со значка в "таскбаре"). И поочерёдно вставляем туда эти команды (вставка по правой клавише мыши):

создание папки клиента в home\*USERNAME*\

mkdir ~/smp

переход в папку клиента

cd ~/smp

закачка архива с клиентом

wget http://www.stanford.edu/group/pandegroup/folding/release/FAH6.34-Linux64.tgz

распаковка клиента

tar xf ./FAH6.34-Linux64.tgz

присвоение флага "исполняемый файл"

chmod +x fah6

запуск клиента только для конфигурации

./fah6 -configonly

Конфигурируем клиента на свой ник/пасскей.

Автозапуск клиента при старте ОС:

1. Идём в папку с клиентом (скорее всего home\*USERNAME*\smp). Там создаём пустой файл с именем "fah.sh" и содержанием

cd smp
./fah6 -smp -forceasm -verbosity 9 -bigadv

В свойствах этого файла, во вкладке "Permissions tab" ставим галочку на "Allow executing file as a program". Этот файл своего рода ярлык для запуска клиента.

2. Идём "System > Preferences > Startup Applications" там в первой вкладке жмём "Add", вводим любое имя, например, "SMP". Далее в поле "Command" выбираем наш скрипт "fah.sh" из папки с клиентом (/home/*USERNAME*/smp). Поле "Comment" можно оставить пустым. Жмём"Add", в принципе автозапуск готов.

Мониторинг при помощи FahSpy через Wine:

1. Идём в папку юзера "Places > Home Folder" и создаём там папку, в которую распаковываем fahspy из архива.

2. В свойствах "FahSpy.exe", во вкладке "Permissions" ставим галочку на "Allow executing file as a program", во вкладке "Open With" выбираем "Wine Windows Program Loader".

3. Для запуска FahSpy при загрузке ОС, делаем то же самое что и со скримтом "fah.sh" - таким же образом добавляем в автозапуск.