Ну, вообще винты, а точнее SMART
сам этим занимается и обычно пользователь этого не видит. И твоего вмешательства не требуется.
Следует различать повреждение поверхности которое не лечится никак и так называемый "логический бед", который можно переформатировать и он заработает. Логические беды начинают активно появляться например, при сильном нагреве винта, хреновом блоке питания... ну и прочем неустойчиво работающем окружении.
А вообще просто переформатируй винчестер и плохие участки будут деактививрованы сами.
Р.S.
Кажется в Partition Magic я видел подобную опцию - что-то вроде проверки поверхности диска не занятой файлами на предмет повреждений. Но точно не помню.
И еще. много лет назад встречался с таблицами плохих кластеров и выборочной их выбраковкой. Можно было заполнять самому. Но вот где именно - не помню... может быть в БИОСе может быть в АДМ... была тогда такая программка резала винт на партиции кусками не более 32 мб, позволяла доступ по паролю, множественность пользователей с настройкой партиций под каждого из них. В общем крутая была прога
... мне её впарили за деньги между прочим... хе-хе... во блин была молодость
... А на одном винте так вообще эта таблица была написана на крышке. Винт этот был мегабайт на 10 кажется... и размером с 5.25 СД привод.