Утилита и ограничение из конца девяностых, тогда об SDHC и не слышали, как и об exFAT.
Дык в тех 90-х и дисков-то больше, чем 32 ГБ, не было - вот на них и остановились.
Зато потом, когда толстые диски таки появились в проекте, для NTFS ограничения расширили, но для FAT - не стали. Но и совсем выпилить FAT из форматировщика не решились - по описанной выше причине. Прими SD Association в 2006-м, если не ошибаюсь, SDHC до 64 ГБ - то и форматировщик раздвинули бы до 64...