Думаю какой SSD взять на замену с большим объемом памяти, так как сейчас уже этот переполнен и его объема явно мало.
Не лучшее время выбрали, но раз надо то надо.
Вопрос больше по линиям PCI-E.
Если на замену ssd с интерфейсом sata3, я поставлю SSD с интерфейсом pci-e 3.0 порежется ли скорость GPU которая установлена в слоте PCI-e Х16?
Нет, не порежется.
M.2 на Asus Prime B250-plus работают от чипсета.
PCIe x16 - от процессора. Независимо друг от друга.