Если я запущу программу с флешки, то ничего страшного не будет?
Не знаю, создаёт ли R-studio временные файлы - тут критичнее то, что создаёт винда. Это и временные файлы и нефиксированный файл подкачки и точки восстановления и много чего ещё.
На фото не видно что за ошибка на "нижнем" окне.
PS. Чтобы было понятно важность работы с системой, которая бы исключала запись на диск (а таких мало).
В NTFS устроено так, что запись любого нового файла приводит к тому, что заполняется незанятая запись в MFT, причём записывается в самую ближнюю свободную к началу. Предположим что у тебя запись о файле контейнера была в записи 100500, а ещё есть свободные 100496-10499. Когда ты подключишь диск к другой системы то там, как минимум, будет создана корзина - а это индекс её + несколько записей о файлах в ней. Вот и перезапишутся 100496-100500 и это будет полный пушной зверь, потому как восстановить фрагментированный файл (не помню есть ли у него хотя бы сигнатура) нереально.
Не торопись и не гони коней, чтобы не кусать потом локти. Продумай весь план действий, подготовься, потренируйся на "котиках" и только тогда в бой.