extFAT - убожество в плане восстановления данных, да и вообще.
Она то разрабатывалась для записи больших (мудьтимедийных) файлов - то есть не особо важных.
Не копал её чуть больше поверхности, но там вроде всего одна таблица FAT.
Мало софта, который может с ней работать. Тут больше надо работать в плане поиска по каким то сигнатурам. Или банально, создаём текстовый файл с содержимым примерно как должно быть в оригинале (особенно начало) - смотрим его в хексах и ищем по такому же набору символов.
Что касается заголовка контейнера - он по барабану в плане данных. Это всего лишь транслятор, который содержит данные о содержимом контейнера и не описывают сами данные.
То что сам носитель в NTFS не играет никакой роли.
Добавлено через 1 минуту
Пробовал переименовывать в .dat все .CHK файлы и открыть с помощью Electrum, но выдает ошибку с набором символов
А рабочие файлы открываются нормально?