Dynkel
Может какие-то драйвер/служба самой Windows. На работавшем с утра, на тормозящем вечером попробуй собрать хотя бы получасовую статистику в LatencyMon
https://www.resplendence.com/latencymon
Запустить мониторинг, свернуть в фон, поимитировать деятельность приводящую к проблемам, остановить мониторинг, на вкладке Drivers отсортировать по убыванию в столбце "DPC Count", сохранить через меню File - Export view. Или сделать скриншот.
Еще в качестве эксперимента - попробуй на отдельный раздел диска накатить
последнюю официальную версию Win10, и посмотри будет ли там появляться эта проблема.