Гораздо важнее регулярно чистить нижний фильтр, чем эта разница в размерах. Если фильтр забивается пылью - поток воздуха сразу падает в разы. Системник будет стоять на полу? Тогда лучше БП установить вентилятором вверх - так не придется еженедельно снимать нижний фильтр для прочистки.