А программа fb2 корректно в другой формат переводит?
Что касается fb2pdf - о-очень корректно; и с переносами, и с выключкой.
на мелочи внимания не обращаю
Это твой личный недостаток. А мне сугубо противно пытаться читать книги без адекватных переносов и выключки...