В общем то, никаких особых секретов нет (ну разве что кроме одного *).
В своё время, для меня байты в РТ были непонятны (по сравнению с MFT это небо и земля). Но "орешек знаний тверд но все же мы не привыкли отступать", как и исследования тех же патчей гуру Antech-а, привело к тому что и это стало понятно; хотя и до сих пор бывает что узнаю что то "новое".
Так что, у любого желающего, есть возможность повторить пройденный путь.
Что касается выравнивания, то я попросту не сталкиваюсь с этим. А если и случается, то решается по разному в том числе посекторным сдвигом.
(*) С определённого момента времени и он таковым не является для тех, кто хочет это узучить.
А вообще, что то вспомнилась фраза из какой то серии сериала про Анджелику.
Не помню дословно но что то типа "Все знают семь нот, но опереты пишет лишь господин Люли".