Исследователи проекта «Иммунитет к микробиомам» создали новый метод прогнозирования функции белка.
Исследовательская группа по проекту «Микробиомный иммунитет»
20 января 2020 г.
Проект «Иммунитет к микробиомам» (на данный момент) выявил почти 275 000 уникальных белковых структур, вернул более 430 миллионов рабочих единиц и привел к созданию важной новой научной методики.
https://youtu.be/iOJe2Ym2hcE
Растущее количество уникальных белковых структур
Благодаря активному участию волонтеров World Community Grid в рамках проекта «Иммунитет к микробиомам» на сегодняшний день выявлено почти 275 000 уникальных белковых структур. Вы продолжаете помогать нам генерировать новые результаты быстрее, чем когда-либо!
Наш новый метод предсказания функции белка
https://www.worldcommunitygrid.org/r...ip1/details.do
Помимо создания и отправки рабочих блоков, в течение последних шести месяцев мы усердно работали над созданием нового метода прогнозирования функции белка, который использует как последовательность белка, так и его структуру. Понимание функции белка важно, потому что это знание помогает ученым исследовать, как бактериальные белки взаимодействуют друг с другом и их хозяевами, и определять, какие белки или биохимические пути могут играть роль при любом количестве заболеваний.
Новый метод, который мы разработали, более эффективен, чем любой другой метод, разработанный до сих пор, потому что он использует информацию о структуре белка, что крайне важно для понимания того, как работает биология. На сегодняшний день современные методы опирались только на информацию о последовательности белка, отчасти из-за технологических ограничений и потому, что исследователи никогда не имели доступа к достаточному количеству данных о структуре белка, чтобы сделать такие прогнозы широко применимыми. Мы решили обе эти проблемы; технологический подход был решен путем разработки передового метода глубокого обучения, использующего графические сверточные нейронные сети, который обеспечивает превосходную предсказательную силу; и проблема с доступностью данных, заручившись вашей помощью в рамках проекта «Микробиомный иммунитет» и создав коллекцию трехмерных структурных моделей белка беспрецедентного масштаба.
Самая уникальная и важная особенность нашего метода заключается в том, что он одинаково хорошо работает с экспериментальными трехмерными структурами и вычислительными моделями, подобными тем, которые мы генерируем в рамках проекта невосприимчивости к микробиомам. Вот почему они идеально подходят друг к другу: наш современный метод прогнозирования функций и результаты проекта по устойчивости к микробиомам. Примечательно, что в настоящее время наш метод является единственным, в котором используются трехмерные структуры.
Мы так взволнованы нашим новым методом прогнозирования функций, что поделились нашими результатами в режиме онлайн в виде препринта, который вы можете прочитать здесь. Сейчас мы работаем над полной статьей, которую планируем представить в рецензируемый журнал. Мы сообщим всем, как только он будет опубликован.
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/786236v1
Следующие шаги
В настоящее время мы планируем аннотировать все известные данные о микробиоме кишечника человека, используя нашу новую методологию в сочетании с результатами проекта «Микробиомный иммунитет». Это даст нам более качественные и более полные данные, которые помогут нам и, в конечном счете, другим исследователям, лучше понять, как работает микробиом.
Мы ценим вашу поддержку этого проекта!
