Хотя я придерживаюсь того, что подобные операции надо делать с загрузочного диск, тем не менее это более актуально для случая когда идёт клонирование диска на котором стоит сама система. Но в данном случае речь идёт о клонировании другого диска, и нормальная программа может банально исключить работу системы с ним.(*)
А вот та же гибернация системы реально попила немало крови. Не такая проблема, но показывающая что происходит при таковой -
после CHKDSK не видно фалов(win10)
И именно про неё подумал когда прочёл предисторию автора в другом месте и увидел упоминание 10-ки. Хотя и до этого было не очень понятно именно то, что так чётко накрыло именно MFT.
И даже в случае, если проблема не в этом, то уверен в том, что Быстрый запуск не стоит того, что может произойти после в результате его использования.
(*) Недавно в другом месте было "обсуждение", в котором утверждали что нельзя сделать образ диска из под системы. Я написал про то, что есть программы умеющие делать это - например Terrabyte drive Image. Это не призыв так делать, а просто попытка не поддаваться панике и быть обьективным.