Нифига не понял. Что подразумевается под несколькими копиями браузера? Разные процессы? Разные окна? Уже давно все современные браузеры запускают каждую вкладку в отдельном процессе, без разницы - открыты ли они все в одном окне или каждая в отдельном. Лиса, помнится, нативно умеет делать изолированные контейнеры для вкладок, позволяя одновременно работать с разными наборами куков, индексов, кэша и пр. В хром это делается плагинами.
на эцп IE лучше настроен чем другие браузеры
Скорее кривоватый софт от ЭЦП заточен в основном под IE, хотя при достаточно прямых руках работает на большинстве актуальных браузеров.
можно ли и другие браузеры запускать от одной учетки (один профиль) ное раз?
Можно.