[9285]

Ну вот смотри - очень упрощенная схема.
MFT состояла из 70-ти записей (в твоём случае скорей всего из тех самых 187 тысяч). И это число записей было прописано в 0-вой записи.
Наложившаяся запись другого диска имела сведения о том, что число записей 45 (в твоём случае - 110 тысяч).

Даже учитывая что за границей 45-ти записей есть ещё - никто об этом не знает и оперирование данными идёт в пределах известного числа записей.
При этом в у каждого из обьектов есть свой номер соответствующей записи, а у папок нижнего уровня и у файлов есть так называемый "родитель".
На схемке Корневой каталог (Root) в котором есть две папки MP3 и Films.
В папке MP3 есть подпапка Rock и файл popsa.mp3
А в папке Rock есть файл Pink Floyd.mp3
Номера фалов и папок указаны на схемке.

Вот теперь представь что должен сделать в этом случае чекдиск при том что он оперирует с 45-ю записями?
Папка Films останется на месте в корневом каталоге, т.к. о ней и о её родителе есть данные.
Об mp3 данные есть, но нет данных об их родителях - такие обьекты называются "сиротами".
Вот Как раз сироты и помешаются в папки без их названий. ТО есть в одну папку собираются все обьекты у которых родитель один и тот же.
Соответственно, если в твоём случае данные о родителя были за пределами 110 тысяч записей, то их сироты и поместились во все эти папки. И "провернуть" это фарш назад уже нельзя.
Понятно?

Дополнение.
И ещё что полезно для понимания.
В такой ситуации чекдиску требуется, как минимум, создать папку Found.00. В которой потом, при необходимости будут записываться папки с малозначащими именами.
И для каждой из этих папок нужна запись в MFT. Если в ней есть незанятые записи - будут использованы они (*) А если все заняты? Тогда MFT немного расширится - например за пределы 48-ой записи и если там лежат записи "старой" MFT то они будут перезаписаны - то есть будут дополнительные потери. В твоём случае это не актуально, хотя может быть актуально другое, но сейчас об этом писать не буду.