stenn
1. Предложение инициализации появляется когда заходишь в штатную оснастку управления дисками винды. Так что, если ты не будешь заходить туда, то предложения о таковом не должно быть.
2. Да, тебе надо будет подключить и второй диск - ведь как то же надо убедиться в том какие там значения в указанном атрибуте.
3. MBR off и полное сканирование делается только на проблемном диске.
4. В нормальных

версиях винды запуск чедиска можно было отключить используя команду chkntfs с соответствующими ключами. Наверное и в новоделах такое возможно, но я не проверял.
Да и речь идёт не столько о случайном запуске, от которого ещё можно успеть отказаться (кроме случая запуска в безопасном режиме) а о том что чекдиск может работать без явной видимости. Можно ли это как то отключить - не знаю. Как вариант - попробовать на время удалить или переименовать исполняемый файл. Но нельзя исключать что он восстановится защитой системы.
PS. Просьба не делать такие огромные цитирования (или хотя бы прячь под спойлер).