Исходя из написанного, первое что напрашивается -т после включения винда сдампила (как минимум) заголовок MFT на другой диск.
Подробности напишу чуть позже, сейчас главное в такой ситуации - исключить запись на диск чтобы не произошли дальнейшие повреждения.
Ну а далее надо бы провести анализ того что сейчас на дисках.
То есть что сейчас в MFT, сколько переписано, что сделал чекдиск.
Добавлено через 31 минуту
Всё что будет написано ниже предполагает то, что ты хочешь разобраться в ситуации, если же нет желания этим заниматься, то можно "тупо" запустить рековерилку и восстановить что выжило.
СПОЙЛЕР »
Я не знаю как устроено в деталях, а по простому:
- начиная с 8-ки в винде по умолчанию включён режим быстрого запуска
- если он включён, при завершении работы завершается только сеанс пользователя а сама винда вводится в гибернацию
- после запуска винда восстанавливает бывшее до этого состояние "окружения"
Вот здесь вопрос в том, что она делает делает в части файловой системы томов дисков. Если предположить что "привязка" идёт с идентификатору диска, то как бы проблем не должно быть. Другое дело если "привязка" идёт к "номеру" диска, который виден в том же диспетчере дисков винды.
В таком случае, если по какой то причине этот номер изменился, то и может произойти что состояние MFT запишется на другой том (диск) и т.п.
Другой причины я не вижу, потому как метка тома хранится в 3-ей записи и поменяться сама по себе не может.
Ну и, если такое произошло то, конечно же, будут какие то несоответствия, которые и начнёт исправлять чекдиск. Причём кроме "фишки" быстрого запуска в новоделах и чекдиск тоже другой - он даже без запуска может исправлять некоторые типы "ошибок".