На предыдущей платформе, сокет 1155, меняя процессор с Core 2gen на Core 3gen, на одной и той же МВ таким образом изменялась и версия PCI-E, со 2й на 3.
Есть исключения, я если поменяю - такого не случится (из-за того что производитель забил болт), но меня это и не парит в обозримом будущем.
Когда только пошло PCI-E 3.0 в массы - смотрел разные тесты и там разницы с 2.0 не было, вернее в пределах погрешности измерений. Не думаю что на данный момент ситуация кардинально изменилась, т.е. ограничений даже на 2.0 не будет, а у вас система с 3.0, так что проблемы в принципе нет.
И да - ПСП видеокарты не связана с пропускной способностью PCI-E. Т.е. вопрос изначально из раздела:
Это все равно что сравнивать машины по максимуму шкалы спидометра.