Я через Abbyy FineReader конвертирую. Раньше как-то обходился без конвертаций, не знаю как так получалось. Потом когда массово сканировал старые журналы в поисках уникального контента, узнал что эта же программа отлично конвертирует документы между форматами. Особо мне понравилось .pdf в Word конвертировать - великолепно сохраняет форматирование.
Можно скачать 12-ю версию со странички:
http://www.abbyy.ru/download/finereader/