Странно.
А что у вас с соотношением сторон(пропорциями) видео?
Может и из за этого ругаться. VD он такой ...
16:9
1920x1080
Но вряд ли это из-за этого, потому что при понижении частоты кадров этого предупреждения нет.
п.с. Проблема явно не в VD, а в настройках кодека. имхо