Эт я делаю примерно раз в год.
В общем, ура, решение нашлось. Вкратце, из старой версии выковыривается два файла из инсталлятора и запускается экзешник, каким-то образом скайп фурычит в таком состоянии, теперь только ждать новой версии и обновлять до полноценной. Кому интересно подробнее, читайте тему в комьюнити.