Материнка сейчас стоит MAXIMUS VI FORMULA - сата порты, я так понимаю, на ней все норм...(все красным цветом)..
Подключено так - hdd к первому, SSD к второму..
судя по описанию платы там всё не так просто
6 каналов Intel Z87 +
4 канала контроллеры ASMedia ASM1061
если верить этому

то во всех тестах контролер
ASM1061 был куда медленнее чем Chipset Intel
http://www.thg.ru/storage/vliyaniye_...ssd/print.html
http://www.overclockers.ua/blogs/blog/storage/867.html
судя по описанию платы если ты использовал
разъёмы 1\2\3\4 то это как раз и есть левые два контроллера SATA3 (ASMedia ASM1061)