Скорее всего, "медленные" блоки будут каждый раз по иным адресам...
Это предположение автор может проверить
Добавлено через 3 минуты
На диске был создан том TrueCrypt и в винде диск никак не отображался (не было назначено буквы) К диску по идее обращаться ничто не могло.
обращение к диску как-бы и не требуется - может какой-то драйвер с высоким приоритетом раз в час что-то делает.