можно запустить HD Tune Pro в режим мониторинга и посмотреть по графику реально используемые при загрузке программ скорости.
Не так надо; надо запустить perfmon, велеть записывать логи и, по истечении некоторого времени проанализировать глубину очереди дисковой подсистемы - тогда-то и будет ясно, "упирается" в производительность диска или "не упирается"...