644 - это права на файлы, а не каталоги. Поставь 644 на каталог var/www/example.com и 403 ошибка гарантирована. А вообще все папки в каталоге examle.com (ваш сайт), как правило, с правами 755, а все файлы - 644, а на www - 754. За исключением общедоступных, у которых права 777 (файловый архив, либо папка в которую заливаются все вложения, как на этом форуме например).