Просто один терабайтник система не видела, вот я и разбирал системник, а оказалось, что он был создан как динамический раздел.
Добавлено через 7 минут
Ну это довольно гемморойно, ставить систему на HDD и наблюдать за ней несколько дней, так как проблема возникает далеко не при каждом запуске.