Установил точную причину - действительно флешка. Происходит захват драйверов AHCI записанных на неё для 64 или 32 битных систем, каждый раз по-разному. У меня две системы и обеим ставил AHCI перезаписывая её не предполагая, что при загрузке система обратится автоматически. Это моё предположение.
