Какая разница синхронно ли разогнанно ядро с шейдерами или нет?
Никакой. Асинхронный разгон позволяет ещё скорости выжать.
если побочные эффекты от повышение напр. на PCI-E на 0,1 В?
нету, но и толку особо тоже. Полагаю, это больше нужно для разгона самой шины PCI-E.