но проблема в том, что сейчас мало приложений умеют работать со всеми 4-мя ядрами
Приложений уже не так уж и мало и появляются новые.
А если с ними не работать, то смысл 4-ёх ядер теряется?
Ну если они не загружаются, то нет смысла
Теоретически 4 ядра по 2.4 Гц будут работать быстрее чем 2 ядра по 3 Гц?
Выше сам описал что и как. В заточенных под 4 ядра приложениях квад будет работать производительнее.