Saldinec
Винда нормально форматирует. Раздел создается прямо с нулевого сектора, т. е. без MBR. Несколько разделов на флэшке AFAIK без дополнительных танцев Винда (XP SP2) не воспринимает, даже если их создать принудительно в дисковом редакторе. Так что отсутствие таблицы разделов при формате Виндой - не проблема, это даже "нативнее" для нее.
Если у Вас все-таки стойкая аллергия к средствам Винды, можно пользовать популярную универсальную тулзу от HP:
HP USB Disk Storage Format Tool
Простая, подходит для любых флэшек (я юзал для Transcend SD через ридер PQI).