График загрузки процессора ядром (kernel times) примерно совпадает с графиком общей загрузки - различие в десяток пикселей на экране, думаю, не считается..
Дефрагментация, конечно, штука полезная, но я, если честно сомневаюсь, что это поможет... НЖМД молчит, как партизан, да и как-то не объясняет это столь странной загрузки процессора - время от времени, причём промежутки случайные, как и длительность загрузки... Хотя, конечно, попробую, когда домой приеду, но пока надо бы ещё чего-нибудь придумать...